Τα πρώτα ανάκτορα χτίζονται στην Κρήτη στη Μέση Εποχή του Χαλκού, στην περίοδο μεταξύ 2000 και 1700 π.Χ., στην Κνωσό, στις γειτονικές Αρχάνες, στη Φαιστό και στη γειτονική Αγία Τριάδα, στα Μάλια και στη Ζάκρο. Μετά τον καταστροφικό σεισμό του 1700 π.Χ., που ισοπέδωσε τα προαναφερθέντα ανακτορικά κέντρα, ιδρύθηκαν στις ίδιες ακριβώς θέσεις τα νέα ανάκτορα. Τόσο τα παλιότερα όσο και τα νεότερα ανάκτορα ακολουθούν το ίδιο βασικό σχέδιο και οργανώνονται σε μία σύνθετη μορφή, προκειμένου να υπηρετήσουν τις ποικίλες εξουσίες που συγκεντρώνουν στα χέρια τους οι τοπικοί βασιλείς, θρησκευτικοί και πολιτικοί άρχοντες ταυτόχρονα, μαζί με το πολυπληθές ιερατείο και τους διοικητικούς υπαλλήλους. Τα ανάκτορα καταλαμβάνουν λοιπόν πολλά στρέμματα και περιλαμβάνουν συγκροτήματα κτιρίων, προορισμένα για συγκεκριμένες δραστηριότητες: εδώ εγκαθίστανται οι διοικητικοί υπάλληλοι, που είναι επιφορτισμένοι με τη συγκέντρωση και αποθήκευση των αγαθών και των εξαγώγιμων προϊόντων, τον έλεγχο του εμπορίου, της παραγωγής και της οικονομίας γενικότερα. Εδώ κατασκευάζονται μεγάλες αποθήκες για τη φύλαξη των αγαθών, τόσο αυτών που προορίζονταν για εξαγωγές όσο και αυτών που θα ανακατανέμονταν στον πληθυσμό. Εδώ συγκεντρώνονται τα διάφορα εργαστήρια, κεραμικής, λιθοτεχνίας, μεταλλουργίας, σφραγιδογλυφίας και υφαντουργίας, που επεξεργάζονται τις συγκεντρωμένες πρώτες ύλες. Εδώ διαμορφώνονται αρχεία για τον έλεγχο όλων των δραστηριοτήτων, που περιέχουν καταγραφές σε πήλινες πινακίδες της ιερογλυφικής και αργότερα της Γραμμικής Α' γραφής. Και βέβαια εδώ τελούνται οι θρησκευτικές τελετουργίες, οι εποχικές τελετές και γίνεται η υποδοχή των ξένων πρεσβευτών.
Δύο από τα βασικότερα στοιχεία, που απαντούν σε όλα τα μινωικά ανάκτορα, είναι ο προσανατολισμός Βορράς - Νότος, πάνω στον οποίο αρθρώνονται οι δύο κύριες πτέρυγες των ανακτόρων, η ανατολική και η δυτική, όπως και η ύπαρξη μίας κεντρικής και μίας δυτικής αυλής. Η κεντρική αυλή παραμένει πάντα ο πυρήνας του ανακτόρου, αφού σε αυτόν τον χώρο συγκλίνουν όλοι οι άλλοι και μέσω αυτού επικοινωνούν τα υπόλοιπα τμήματα του ανακτόρου μεταξύ τους. Στην κεντρική αυλή γίνονταν πιθανότατα οι μεγάλες συγκεντρώσεις και οι θρησκευτικές τελετές, όπως δείχνουν οι βωμοί και τα ιερά που είτε υπήρχαν στις ίδιες τις κεντρικές αυλές των ανακτόρων είτε επικοινωνούσαν άμεσα με αυτές. Η δυτική αυλή πάλι αποτελεί μία από τις κύριες εισόδους στο ανάκτορο και χρησιμοποιείται επίσης για συναθροίσεις και τελετές, καθώς διαθέτει τους λεγόμενους πομπικούς δρόμους, δηλαδή υπερυψωμένους πλακόστρωτους δρόμους για τις πομπές και τις τελετές, και σε ορισμένες περιπτώσεις θεατρικούς χώρους και βωμούς.
Προκειμένου να υπάρχει ελεύθερη και άνετη προσπέλαση στα ανάκτορα είχαν κατασκευαστεί σε όλες τις πλευρές τους μεγαλοπρεπείς, συχνά υπόστυλες, είσοδοι, που συχνά μάλιστα εξυπηρετούσαν διαφορετικούς σκοπούς και προορίζονταν για τη διακίνηση διαφορετικών ομάδων (των θρησκευτικών πομπών, των εμπόρων, των τεχνιτών των ανακτορικών εργαστηρίων με τα υλικά τους). Η κάθε πτέρυγα του ανακτόρου στέγαζε επίσης κτίρια διαφορετικής χρήσης : στη δυτική πτέρυγα βρισκόταν συνήθως το θρησκευτικό κέντρο του ανακτόρου και στην ανατολική τα βασιλικά διαμερίσματα διαμονής και οι αίθουσες υποδοχής, καθώς βέβαια και τα βασιλικά εργαστήρια, για να βρίσκονται υπό την άμεση εποπτεία του ηγεμόνα. Αποθήκες, κρύπτες και αρχεία υπήρχαν σε όλες τις πτέρυγες: σε αυτές της δυτικής πτέρυγας φυλάσσονταν και καταγράφονταν οι προσφορές προς τη θεότητα και τα τελετουργικά σκεύη, ενώ σε αυτές της ανατολικής αίθουσας φυλάσσονταν οι πολύτιμες πρώτες ύλες που ήταν απαραίτητες για τα βασιλικά εργαστήρια, τα πολύτιμα αντικείμενα που προορίζονταν για εξαγωγές και βεβαίως τα απαραίτητα αντικείμενα για την καθημερινή ζωή μέσα στο ανάκτορο. Και βέβαια, καθώς τα ανάκτορα λειτουργούσαν ως κέντρα λατρείας, υπήρχαν σε αυτά χώροι ή ακόμα και συγκροτήματα δωματίων καθαρά λατρευτικής χρήσης, καθώς και εξωτερικοί χώροι με βωμούς, εξέδρες και δεξαμενές καθαρμών.
Τα ανάκτορα ήταν κατασκευασμένα με ξύλινους αντισεισμικούς σκελετούς, είχαν στις προσόψεις τους λαξευμένα κομμάτια πωρόλιθου και οι υπόλοιποι τοίχοι ήταν φτιαγμένοι με μικρότερες ακατέργαστες πέτρες στο κατώτερο τμήμα τους, και με πλίνθους (τούβλα ψημένα στον ήλιο) στο ανώτερο. Οι τοίχοι και οι οροφές καλύπτονταν με κονιάματα, που πολύ συχνά διακοσμούνταν με θαυμάσιες τοιχογραφίες. Οι βάσεις των τοίχων και διάφορα άλλα αρχιτεκτονικά μέλη (θρανία, σκάλες, κάσες θυρών και παραθύρων) επενδύονταν με πλάκες λευκού γυψόλιθου ή άλλους χρωματιστούς λίθους, ή ακόμα και με ταινίες με γραπτή διακόσμηση, ενώ τα δάπεδα στρώνονταν με χρωματιστά κονιάματα ή πλάκες μαρμάρου και σχιστόλιθου που συμπληρώνονταν με χρωματιστό κονίαμα για μεγαλύτερη χρωματική ποικιλία. Ακόμα και το εξωτερικό των ανακτόρων ήταν πλούσια διακοσμημένο και έδινε μιαν εικόνα κομψότητας, πολυχρωμίας και ποικιλίας: τις εξωτερικές σειρές των πωρολίθων διέκοπταν τα ξύλινα δοκάρια που τόνιζαν τις αλλαγές των ορόφων, τις θύρες και τα παράθυρα και διασπούσαν τις ενιαίες επιφάνειες των προσόψεων. Για χρωματική ποικιλία οι κίονες βάφονταν κόκκινοι και τα ανώτερα μέρη της στέγης καλύπτονταν με κονιάματα που μιμούνταν σε διάφορα χρώματα τις στρογγυλές απολήξεις των αρχικών δοκαριών στης στέγης.
Οι αρχιτέκτονες που σχεδίασαν τα ανάκτορα είχαν φροντίσει για την άνετη διαμονή των προσώπων που κατοικούσαν σε αυτά. Οι μικρές εσωτερικές αυλές και οι φωταγωγοί που ανοίγονταν σε διάφορα σημεία εξασφάλιζαν τον εξαερισμό και τον άπλετο φωτισμό των διαφόρων διαμερισμάτων, κάτι που επιτυγχανόταν επίσης με τη δημιουργία πολυθύρων. Τα πολύθυρα, οι συνεχόμενες δηλαδή πόρτες με φύλλα που μπορούσαν να ανοίξουν και να ενσωματωθούν με τις παραστάδες, μετατρέποντας τον τοίχο σε είδος κιονοστοιχίας, όχι μόνο διασπούσαν τους ενιαίους όγκους των τοίχων και διευκόλυναν την άνετη κυκλοφορία του αέρα και του φωτός, αλλά παράλληλα επέτρεπαν την αμεσότερη επαφή με τη φύση. Πρόκειται για ένα ευφυές σχέδιο της μινωικής αρχιτεκτονικής, που επιτρέπει στις πολύθυρες αίθουσες να ανοίγουν και να κλείνουν, να μικραίνουν και να μεγαλώνουν ανάλογα με τις ανάγκες της καθημερινότητας · ένα σχέδιο που καταργεί τη διαχωριστική έννοια εσωτερικού και εξωτερικού χώρου και που επιλέγει πότε θα διαχωριστεί και πότε θα ενωθεί το κτίσμα με το περιβάλλον. Τα ανακτορικά συγκροτήματα διέθεταν επίσης ένα άριστα οργανωμένο σύστημα ύδρευσης και αποχέτευσης, που επέτρεπε την εγκατάσταση συστήματος λουτρών και γενικότερα όλων των χώρων υγιεινής.
Και βέβαια δεν πρέπει να ξεχνάμε τα πολυτελή αντικείμενα που διακοσμούσαν το εσωτερικό των ανακτόρων: τα χρυσελεφάντινα κομψοτεχνήματα και τα άλλα έργα τέχνης από ημιπολύτιμους λίθους, τα πολυτελή υφάσματα, τα εκατοντάδες πήλινα, λίθινα και μεταλλικά αγγεία, τα ανάγλυφα λυχνάρια που φώτιζαν τους χώρους.
Άποψη του ανακτόρου της Κνωσού
Αεροφωτογραφία του ανακτόρου της Φαιστού
Άποψη του ανακτόρου των Μαλίων
Άποψη του μινωικού ανακτόρου στη Ζάκρο
Αεροφωτογραφία της αρχαιολογικής θέσης στην Αγία Τριάδα