Ο Αλή Πασάς των Ιωαννίνων πέτυχε με διάφορους τρόπους να από το Σούλι ορισμένους από τους αρχηγούς, αδυνατίζοντας έτσι την άμυνά του. Τελικά οι Τούρκοι κατάφεραν να κατακτήσουν το Σούλι το , μετά από πολλές προσπάθειες. Κατέλαβαν τον οχυρό λόφο Κουγκι, όμως ο Σαμουήλ, που τον κρατούσε ελεύθερο ως την τελευταία στιγμή, μαζί τους. Τότε κάποιοι Σουλιώτες έσπασαν τον κλοιό των με έφοδο και πέρασαν τελικά στην , ενώ οι υπόλοιποι συνθηκολόγησαν, αφού τους υποσχέθηκαν ότι θα εγκαταλείψουν με ασφάλεια το Σούλι και θα καταφύγουν με τα όπλα τους στην Πρέβεζα.
Οι Σουλιώτες στα υπηρέτησαν αρχικά τους και στη συνέχεια τους Γάλλους κυρίαρχους. Το , λίγο πριν τη Μεγάλη Επανάσταση, κλήθηκαν από τους Τούρκους να κατοικήσουν μόνιμα στο Σούλι, με τον όρο να το Σουλτάνο τον Αλή Πασά, με τον οποίο βρισκόταν σε πόλεμο. Οι Σουλιώτες συμφώνησαν και επέστρεψαν στα χωριά τους, αποκρούοντας με επιτυχία τους στρατιώτες του Αλή Πασά που έρχονταν εναντίον τους. Το 1822, όμως, έμειναν αβοήθητοι. Καταπονημένοι, εγκατέλειψαν οριστικά το Σούλι και διασκορπίσθηκαν στη και την Πελοπόννησο. Κατά τη διάρκεια της Μεγάλης Επανάστασης του 1821 πολλοί Σουλιώτες ανέπτυξαν σημαντική δράση ως , έχοντας τη φήμη των γενναίων και αδάμαστων πολεμιστών του έθνους.