Οι Φιλικοί ότι πίσω από την Εταιρεία υπήρχε μία Μεγάλη Δύναμη, που την απελευθέρωση των Ελλήνων. Πολλοί πίστευαν ότι πίσω από την μυστική Αρχή της Φιλικής Εταιρείας κρυβόταν η , ωστόσο οι ηγέτες της γνώριζαν καλά, παρόλο που δεν το φανέρωναν, ότι η οργάνωση στηριζόταν στον ενθουσιασμό των λογίων πατριωτών και στα χρήματα που κατέβαλλαν τα εγγραφόμενα μέλη της, ιδίως και οι έμποροι. Ήταν ένα σχέδιο παράτολμο για όποιον λογάριαζε τα εμπόδια που υπήρχαν, το οποίο όμως τελικά .
Τα μέλη της Φιλικής Εταιρείας στην αρχή ήταν ελάχιστα. Το , όμως, η οργάνωση μετέφερε την έδρα της στην καρδιά της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας, την . Τότε η στρατολόγηση μελών επεκτάθηκε σε ολόκληρη την Οθωμανική Αυτοκρατορία και στη σημερινή Ελλάδα. Σ' αυτήν μυήθηκαν πολλοί από τους πρωταγωνιστές του Αγώνα, όπως ο αρχιμανδρίτης Γρηγόριος Δίκαιος ή , ο Θεόδωρος Κολοκοτρώνης, οι Ιωάννης Φαρμάκης και Γεωργάκης Ολύμπιος και αρκετοί άλλοι. Την οργάνωση βοήθησε αποφασιστικά και ο μεγαλέμπορος Παναγιώτης Σέκερης, που πρόσφερε μεγάλο μέρος της περιουσίας του.
Τα μέλη της Φιλικής Εταιρείας σταδιακά αυξήθηκαν. Οι ηγέτες της πρότειναν στον , που ήταν τότε υπουργός των Εξωτερικών της Ρωσίας, να τεθεί επικεφαλής της. Εκείνος , γιατί πίστευε ότι οι συνθήκες που επικρατούσαν στην Ευρώπη ευνοϊκές για τους Έλληνες.