Καθώς οι Οθωμανοί Τούρκοι επέκτειναν την κυριαρχία τους στη Χερσόνησο, είχαν να αντιμετωπίσουν διάφορες εξεγέρσεις από ομάδες που συνέχιζαν την παράδοση των του Βυζαντίου
Ένας από τους σημαντικότερους πολεμιστές ήταν ο Κορκόδειλος Κλαδάς, ο οποίος είχε για ορμητήριο του τη , μία από τις λίγες περιοχές στους Τούρκους. Οι Μανιάτες ήταν , που «αγρυπνούν νύχτα μέρα για να διατηρήσουν την ελευθερία τους και δεν εννοούν να αναγνωρίσουν κανένα ηγεμόνα επί της γης», όπως τους περιέγραψε Γάλλος περιηγητής.
Άλλοι ένοπλοι Έλληνες κατά την περίοδο της Τουρκοκρατίας ήταν οι Κλέφτες. Οι κλέφτες ζούσαν και είχαν τα τους σε δύσβατα μέρη. Ήταν οργανωμένοι σε μικρές ομάδες, η καθεμιά με τον της και . Βασικό χαρακτηριστικό των κλεφτών ήταν η που ένιωθαν για τους Τούρκους και γενικά για την εξουσία, στοιχείο που τους έκανε λαό. Έτσι, οι κλέφτες έγιναν ενάντια στους κατακτητές.
Προκειμένου να αντιμετωπίσουν τους κλέφτες και να αποκαταστήσουν την ασφάλεια στην ύπαιθρο, οι Οθωμανοί Τούρκοι χρησιμοποιούσαν Έλληνες, πρώην , τους . Ωστόσο οι Αρματολοί, παρόλο που ήταν βοηθητικά στρατεύματα των Τούρκων, συνεργάζονταν συνήθως με τους κλέφτες. Παρατηρήθηκε έτσι το φαινόμενο, ιδιαίτερα κατά τους τελευταίους αιώνες της Τουρκοκρατίας, πολλοί αρματολοί να εγκαταλείπουν τις θέσεις τους και να προσχωρούν στις τάξεις των κλεφτών.
Φημισμένοι αρματολοί ήταν ο Γεώργιος Ανδρίτζος, ο Κατσαντώνης στη Ρούμελη, ο Νικοτσάρας στον Όλυμπο, οι Σουλιώτες Γεώργιος Μπότσαρης και Λάμπρος Τζαβέλλας και πολλοί άλλοι. Αρκετοί από τους γιους, τους συγγενείς ή τα πρωτοπαλίκαρά τους αργότερα στη Μεγάλη Επανάσταση του .