Το Γυμνάσιο Μήλου συστεγάζεται με το Λύκειο Μήλου και έχουν μαζί περίπου 180 μαθητές. διαθέτει αίθουσα πληροφορικής, εργαστήριο Φυσικών Επιστημών καθώς και γυμναστήριο. Έχει επίσης γήπεδο ποδοσφαίρου. Το σχολείο μας βρίσκεται στη γραφική Πλάκα Μήλου, κοντά στο Ενετικό κάστρο και το αρχαιολογικό μουσείο.