Το μήκος ενός νουκλεοτιδίου μπορεί να εκφραστεί: με την αλληλουχία ή αριθμό βάσεων (αν είναι μονόκλωνο) ή  με την αλληλουχία ή αριθμό ζευγών βάσεων (αν είναι δίκλωνο).

Στην πραγματικότητα εννοούμε τον αριθμό ή την ακολουθία των νουκλεοτιδίων του νουκλεϊκού οξέος. Η απλούστευση γίνεται γιατί το μόνο τμήμα του νουκλεοτιδίου που αλλάζει είναι η αζωτούχος βάση.

Για παράδειγμα:

Στο DNA  θα αναφέρουμε ότι έχει μήκος 2000 ζεύγη βάσεων επειδή είναι δίκλωνο, ενώ στο RNA θα αναφέρουμε ότι έχει μήκος 2000 βάσεις επειδή είναι μονόκλωνο

Το μήκος ενός νουκλεοτιδίου εκφράζεται και  σε nm.

Στο DNA η απόσταση ανάμεσα σε δύο βάσεις είναι 0,34 nm επομένως τα 10 ζεύγη βάσεων που αποτελούν μια πλήρη έλικα θα έχει μήκος 3,4 nm.

Στα προβλήματα θα πρέπει να προσέχουμε κατά πόσο το μήκος αναφέρεται σε συσπειρωμένο ή όχι μόριο.

Για παράδειγμα:

Ενώ ένα χρωμόσωμα της Δροσόφιλα έχει μήκος 1 cm μη συσπειρωμένο,  πακετάρεται σε μήκος 1,8 μm στο πυρήνα του κυττάρου.