Το χωριό κατά τον Γ. Μέγα έλαβε τ' όνομα του από την λέξη "σιφουνίζει = φυσά σαν σίφουνας", που στην λημνιακή προφορά ακούγεται σφνίζ', επειδή στην περιοχή παρατηρούνται σιφούνια, ανεμοστρόβιλοι. Αρχικά, κατά τον Γ. Μέγα, τ' όνομα πρέπει να ήταν Σφίν', απ' όπου έγινε Φσίν' και ασυναίρετο Φισίνη.

Στην τουρκοκρατία πράγματι το χωριό ονομαζόταν Φσίν' ή Ψίν (το). Επίσης οι κάτοικοι του αποκαλούνται ακόμα και σήμερα Σφνάδες (οι) = Φισι-νιώτες. Όμως κατά τον Μεσαίωνα (1321) αναφέρονται, "τα περί την Αγίαν Μελιτηνήν χωρία του Βισσίνου, του Σκανδάλη και τα λοιπά", σαν πατριαρχικά κτήματα. Αυτό σημαίνει ότι τ' όνομα προήλθε από κάποιον γεωκτήμονα της περιοχής που ονομαζόταν Βίσσινος. ' Ετσι δεν είναι απίθανο η περιοχή του Βισσίνου να παρεφθάρη, του Βσίν', το Φσίν ή Ψίν που ήταν η ονομασία επί τουρκοκρατίας (ουδέτερο). Σ' αυτή τη περίπτωση η σωστότερη γραφή είναι Φισίνη και όχι Φυσίνη. Πολλοί περιηγητές του ΙΣΤ' και ΙΖ' αιώνα σημειώνουν στην περιοχή το χωριό και κάστρο Cogito. Πρώτος το αναφέρει ο ιταλόςPorcacchi το 1572, και μάλλον τον αντιγράφουν οι Piacenza, Dapper, Coronelli την περίοδο 1680-1690. Κανείς όμως από τους πιο πάνω δεν πρέπει να επισκέφτηκε το νησί, οπότε η μαρτυρία τους δεν είναι ασφαλής. Εξ άλλου τέτοιο τοπωνύμιο είναι άγνωστο στην περιοχή, αλλά και η ερμηνεία του δεν μας φωτίζει ιδιαίτερα. Cogito στα λατινικά σημαίνει βούλομαι, σκέπτομαι, επινοώ. Ίσως ο περιηγητής μ' αυτό το όνομα σημείωσε κάποιο χώρο συνελεύσεων, ένα είδος βουλής ή' κάτι παρόμοιο.
Κατά τον μεσαίωνα κεντρικός οικισμός της περιοχής ήταν η Σκάλα, από την οποία όλα τα γύρω χωριά (Φισίνη, Σκανδάλη, Αγία Σοφία) ονομάστηκαν χωριά της Σκάλας. Η Σκάλα βρισκόταν στη περιοχή Γούδηλα ή Πύργοι, όπου σήμερα διακρίνονται τα ερείπια του κάστρου της και των δύο πύργων της. Επίσης χαλάσματα σπιτιών, πηγαδιών, νεκροταφείου, ανεμόμυλων, μαρμάρινοι κίονες, βρίσκονται σκορπισμένα στη γύρω περιοχή. Ο οικισμός Γούδηλα πρωτοαναφερεται το 1355 σε έγγραφο της Μ. Λαύρας. Επίσης οι περιηγητές Piacenza και Coronelli (1680-1690) σημειώνουν στην περιοχή τον οικισμό Tilo, ο οποίος είναι μάλλον παραφθορά του Goudilo.
Η Σκάλα αναφέρεται σε έγγραφα της Μ. Κουτλουμουσίου από το 1362, αλλά πρέπει να είχε κτιστεί παλιότερα από τους Ενετούς την περίοδο 1207-1214, όταν κτίστηκαν ή ξαναφτιάχτηκαν τα οχυρά του νησιού. ' Εγινε γνωστή το 1470, όταν οι ' Ελληνες και Βενετοί απέ-
κρουσαν τις επιθέσεις του στόλου του Μαχμούτ πασά, που επιτέθηκε με 300 πλοία και 70.000 άνδρες. Οι χρονικογράφοι αναφέρουν ότι μόνο το Κάστρο της Μύρινας και η Σκάλα του αντιστάθηκαν με επιτυχία. Από τότε σημειώνεται από όλους σχεδόν τους περιηγητές, σαν το σπουδαιότερο λιμάνι της ανατολικής Λήμνου. Την αναφέρουν κατά σειρά οι, Bordone το 1528, Belon το 1540, Piacenza(1680-85), Ανώνυμος γερμανός το 1685, Dapper το 1688 και Morisson το 1698.
Τα ερείπια των πύργων της διέκρινε ο Conze το 1858 αγναντεύοντας από τον Βρόσκοπο και τα περιέγραψε ο Sealy το 1918. Στην περιοχή σήμερα υπάρχουν μόνο δύο μάντρες για ζώα και δύο εκκλησάκια του Αγ. Γεωργίου και του Αγ. Δημητρίου (μισογκρεμισμένο), όπου έχουν ενσωματωθεί πολλά μαρμάρινα μέλη με σκαλίσματα, προερχόμενα από το παλιό οχυρό.