Το χωριό αναφέρεται από το 1285 σε μοναστηριακά έγγραφα με το σημερινό του όνομα. Κατά τον Α. Μιχελή η ονομασία του προήλθε από το ρήμα έρπω, επειδή οι κάτοικοι του μεταφέρονταν σαν ερπετά από τόπο σε τόπο, μέχρι να βρουν ασφαλή θέση για να εγκατασταθούν.

Πιθανότατα όμως η άποψη αυτή είναι λανθασμένη και παρασύρθηκε τόσο ο Α. Μιχελής , όσο και άλλοι ερευνητές (Λυμπέρης, Κομνηνός - Καψιδέλης) απ' την ονομασία Ερπάνη με την οποία αναγράφεται σε αγγλικούς ναυτικούς χάρτες. Ίσως η ερμηνεία του τοπωνυμίου θα πρέπει ν' αναζητηθεί στη λέξη δρυς (βελανιδιά) η οποία κατά τον Αλ. Τζένο προέρχεται από την ινδοευρωπαϊκή ρίζα dereu.
Η περιοχή βρίθει δρυών και σίγουρα συγκέντρωσε την προσοχή των κατοίκων του νησιού από τα αρχαία χρόνια, αφού τα βελανίδια χρησιμοποιούντο για την κατεργασία των δερμάτων (βυρσοδεψία), μέχρι και τα μεσαιωνικά χρόνια. Το 1548 ο Belon αναφέρει ότι γινόταν εκμετάλλευση των δρυών του Ρεπανιδίου, ενώ το 1611 αναφέρεται ότι πειρατές λεηλάτησαν ένα καΐκι με 13 ναύτες, που κουβαλούσε βελανίδια από τη Λήμνο στη Σαμοθράκη.
Οι πρώτοι κάτοικοι του Ρεπανιδίου ήρθαν από την γειτονική Ηφαιστία, η οποία γύρω στον ΙΒ' αιώνα είχε αρχίσει να εγκαταλείπεται από τους κατοίκους της. Κατά τον ΙΔ' αιώνα, σύμφωνα με τον Α. Μοσχίδη, το χωριό αποτελούσε μετόχι της Μ. Αγίου Ιωάννου Πάτμου. Την εποχή αυτή υπήρχε στο χωριό ο ναός της θεομήτορος της Οδηγήτριας. Κατά την τουρκοκρατία το χωριό αναφέρουν πολλοί περιηγητές κυρίως διότι στη γειτονική θέση Αγιόχωμα, εξορυσσόταν η περίφημη από την αρχαιότητα "λημνία γη". Η εξόρυξη της γινόταν με τελετουργικό τρόπο, μια μόνο φορά το χρόνο. Εθεωρείτο τονωτικό φάρμακο, αντίδοτο για τα δαγκώματα των φιδιών και για επάλειψη πληγών. Την ύπαρξη της πρωτοαναφέρει ο Ηρόδοτος τον 5ο αιώνα π.Χ. και στη συνέχεια πολλοί περιηγητές και γιατροί, όπως νο Θεόφραστος (310 π.Χ.), ο Πλίνιος (Ιος αιώνας μ.Χ.), ο Γαληνός (210 μ.Χ.), ο Φιλόστρατος (Γ' αιώνας μ.Χ.) και σχεδόν όλοι οι περιηγητές κατά τον μεσαίωνα και την τουρκοκρατία. Στην αρχαία εποχή την εξόρυξη τελούσαν οι ιερείς του Ηφαίστου στις 6 Μαίου. Τη συσκεύαζαν σε δισκία που τα σφράγιζαν με την μορφή της θεάς ' Αρτεμης ή με μια αίγα. Στα χριστιανικά χρόνια εξορυσσόταν στις 6 Αυγούστου, ημέρα της εορτής του ναού της Σωτήρος, που υπήρχε στη περιοχή.

Ο Χριστός Σωτήρ "εν τω Παλαιολάκκω" αναφέρεται το 1320 σαν πατριαρχική εξαρχία, ενώ το 1565, το 1615 και το 1631 σαν μετόχι της Μ. Λαύρας "ο Σωτήρ εις τον Κότζινον εν ω το Αγιόχωμα". Σφραγιζόταν με την κεφαλή του Σωτήρος. Παρατηρούμε ότι το 1320 το πηγάδι της λημνίας γης, αναφέρεται σαν Παλιόλακκος, πράγμα που ίσως υποδηλώνει ότι δεν πολυχρησιμοποιείτο, ενώ το 1565 ξαναπαίρνει την ονομασία Αγιόχωμα, αφού με πρωτοβουλία του Σουλτάνου είχε αρχίσει πάλι η εκμετάλλευση του. Επί τουρκοκρατίας σφραγιζόταν με την ημισέληνο.
Μέχρι τον Ιθ' αιώνα η εκμετάλλευση της λημνίας γης απέφερε πολλά εισοδήματα στο νησί. Πάντως από τον ΙΖ' αιώνα ένα μέρος του πηλού χρησιμοποιείτο για την κατασκευή τσουκαλιών, όπως αναφέρει ο Β. Randolph.Είχαν τη φήμη ότι ο χρήστης τους δεν κινδύνευε από δηλητηριασμένες τροφές. Ο Σουλτάνος ήταν αποκλειστικός προμηθευτής τους. Η λημνία γη ήταν γνωστή στην Ευρώπη σαν terra singillata, δηλαδή σφραγισμένη γη.

Κοντά στο Ρεπανίδι βρίσκεται ο έρημος σήμερα Άγιος Υπάτιος (Αϋπάτης), που σαν οικισμός πρέπει να δημιουργήθηκε κατά τον ΙΖ' αιώνα, από κατοίκους του Κότσινου που αναζήτησαν ασφαλέστερο τόπο διαμονής. Πιθανότατα αυτό έγινε μετά την ενετική επιδρομή του 1656. Ο οικισμός πρωτοαναφέρεται το 1677, ενώ η εκκλησία , του, ο Άγιος Αθανάσιος, κτίστηκε το 1732. Στον Αγ. Υπάτιο ζούσαν και πολλοί Τούρκοι, μέλη της διοίκησης, ο Χότζας, αγάδες που κατείχαν κτήματα στη Β.Α. Λήμνο, οι οποίοι αρχικά διέμεναν στον Κότζινο. Στο χωριό υπήρχε τούρκικο σχολείο και τζαμί. Από τα μέσα του Ιθ' αιώνα οι Έλληνες κάτοικοι του χωριού, το εγκατέλειψαν κι εγκαταστάθηκαν σταδιακά κυρίως στην Πλάκα και στη Παναγία, αλλά και στο Ρωμανού, στο Ρεπανίδι και στο Κοντοπούλι. Το όνομα του πιθανότατα είναι αρχαιοελληνικό, από το ύπατος = ανώτατος, ύψιστος (' Υπατος Ζευς).
Σήμερα είναι ένα σχεδόν ακατοίκητο ψαροχώρι, το οποίο χρησιμοποιούν σαν επίνειο οι ψαράδες του Ρεπανιδίου. Όμως κατά τον μεσαίωνα αποτέλεσε σπουδαίο λιμάνι. Αρχικά ήταν επίνειο της Ηφαιστίας. Αργότερα όμως απέκτησε επιβλητικό κάστρο όπου έδρευε η διοίκηση του νησιού. Τ' όνομα του προήλθε είτε από τσιτακισμό της αρχαίας λέξης κότινος (αγριελιά), είτε από το εντυπωσιακό κόκκινο χρώμα που παίρνουν τα νερά κατά τη δύση του ηλίου. Πράγματι το ηλιοβασίλεμα στον Κότσινα είναι εκπληκτικό.
Το τοπωνύμιο πρωτοαναφέρεται το 1136, όταν ο μητροπολίτης Λήμνου Μιχαήλ παραχώρησε στους Ενετούς εμπόρους, που είχαν εγκατασταθεί στο λιμάνι του Κότσινου απ' το 1126, ένα μικρό ναίσκο. Φαίνεται πως ήδη'ήταν σημαντικό λιμάνι με αποβάθρα και πα-ρεπιδημούσαν έμποροι και ναυτικοί. Το 1269 η μονή Αγ. Ιωάννου Πάτμου διέθετε σκάλα στον Κότσινο, για να εξυπηρετείται προφανώς το μετόχι της, της Παναγίας Οδηγήτριας, στο Ρεπανίδι. Το 1355 η Μ. Λαύρα διέθετε το κτήμα του Κωκαλά, το 1361 το κτήμα του Διγυναίκη και το 1415 το κτήμα Προάστειον, όλα στην περιοχή Κότσινα.
Ο Κότσινας κατά τον Α. Μοσχίδη (δημοσίευμα στη Ν. Ζωή της Αλεξάνδρειας) ήταν ο διάδοχος κεντρικός οικισμός της περιοχής, μετά την παρακμή της Ηφαιστίας τον ΙΒ' αιώνα. Το κάστρο του αναφέρεται σαν ένα από τα τρία σπουδαιότερα του νησιού. Κτίστηκε από τους Ενετούς την περίοδο 1207-1214, για να προστατεύει το λιμάνι. ' Εγινε γνωστός το 1475 ή 1478, για το θάρρος της Μαρούλας, η οποία εμψύχωσε τους υπερασπιστές του, κατά την πολιορκία του από τον Σουλεϊμάν Πασά. Το άγαλμα της στολίζει σήμερα την περιοχή. Το 1548 οι κάτοικοι το είχαν εγκαταλείψει και ζούσαν γύρω απ' αυτό σε οικισμούς, ενώ οι Τούρκοι είχαν μεταφέρει την έδρα της διοίκησης του νησιού στη Μύρινα (Κάστρο). Το 1656 καταλήφθηκε και καταστράφηκε το κάστρο του από τους Ενετούς. Οι περισσότεροι κάτοικοι του μετακινήθηκαν προς τον Άγιο Υπάτιο και το Ρεπανίδι. Το 1688 αναφέρεται μόνο σαν ένα μικρό χωριό.
Στην περιοχή του Κότσινα υπάρχει μεγάλη παράδοση αγγειοπλαστικής από τα μεσαιωνικά χρόνια, ίσως και παλιότερα. "Ηδη απ' το
1304 αναφέρονται "τα Τζουκαλαριά", ιδιοκτησία της Μ. Λαύρας, που πιθανότατα βρισκόντουσαν εκεί κοντά. Το 1670 αναφέρεται στην τέχνη της αγγειοπλαστικής ο Β. Randolph που ήρθε στο νησί.

Η παράδοση αυτή συνεχιζόταν μέχρι τις ημέρες μας από την οικογένεια Τσουκαλά, που εγκαταστάθηκε στον Κότσινο το 1848, προερχόμενη από την Μαρώνεια της Θράκης. Ο τελευταίος συνεχιστής ήταν ο μπαρμπα-Νικόλας Τσουκαλάς, που πέθανε το 1991. Τα παιδιά του δεν συνέχισαν την τέχνη, η οποία από την εμφάνιση του πλαστικού και μετά έπεσε σε παρακμή, αφού έφυγαν στις ΗΠΑ. Η σύζυγος του κ. Ανδρομάχη διατηρεί ακόμα μια μικρή ταβερνούλα στον Κότσινο, με όμορφες λαϊκές ζωγραφιές στους τοίχους. Σήμερα κατασκευάζονται μόνο αγγεία τουριστικού χαρακτήρα.
Τέλος θ' αναφερθούμε στην εκκλησία της Ζωοδ. Πηγής, που είναι κτισμένη πάνω από ένα υπόγειο άγιασμα, στο οποίο κατεβαίνει κανείς με 65 σκαλοπάτια. Η ύπαρξη της αναφέρεται από το 1416 σαν μονύδριο. Δεν την παραλείπουν πολλοί περιηγητές, όπως ο Covel το 1677 και ο Hunt το 1801. Η σημερινή εκκλησία κτίστηκε την δεκαετία του '50. Στο πανηγύρι της, την Λαμπροπαρασκευή, μαζευόταν όλη η Λήμνος .