Ο Εμμανουήλ Ξάνθος γεννήθηκε στην Πάτμο το 1772 και σπούδασε στη φημισμένη σχολή του νησιού του, την Πατμιάδα. Το 1792 ταξίδεψε στην Τεργέστη όπου εργάστηκε σε εμπορική εταιρεία. Αργότερα, το 1810 εγκαταστάθηκε στην Οδησσό συνεχίζοντας την εργασία του ως γραμματικός σε εμπορικούς οίκους. Σε ένα ταξίδι του για εμπορικές δουλειές (εμπόριο λαδιού) στην Πρέβεζα, μυήθηκε στον τεκτονισμό, από τον οποίο εμπνεύστηκε την ιδέα της συγκρότησης μιας μυστικής επαναστατικής οργάνωσης. Το Νοέμβριο του 1813 επιστρέφοντας στην Οδησσό συνδέθηκε με τον Νικόλαο Σκουφά και τον Αθανάσιο Τσακάλωφ, με τους οποίους συνέστησε, πιθανότατα το φθινόπωρο του 1814, τη Φιλική Εταιρεία. Το Δεκέμβριο της ίδιας χρονιάς ο Ξάνθος αναχώρησε για την Κωνσταντινούπολη όπου προώθησε το έργο της Φιλικής Εταιρείας και προσπάθησε, με περιορισμένη τον πρώτο καιρό επιτυχία, να προσελκύσει νέα μέλη. Τον Ιανουάριο 1820 πρότεινε την ανάληψη της αρχηγίας της Εταιρείας αρχικά στον Ι. Καποδίστρια και ακολούθως, όταν εκείνος αρνήθηκε, στον Αλέξανδρο Υψηλάντη. Παράλληλα καθ' όλη τη διάρκεια του 1820 εργάστηκε στη Ρωσία, τη Μολδαβία, τη Βλαχία και τη Βεσσαραβία για τους σκοπούς της Φιλικής Εταιρείας και την προετοιμασία του Αγώνα. Κατά το ξέσπασμα της επανάστασης στις Παραδουνάβιες Ηγεμονίες παρέμεινε στο Κισνόβι της Βεσσαραβίας συντονίζοντας τους εθελοντές που επιθυμούσαν να περάσουν τα σύνορα για να ενωθούν με τους επαναστάτες. Εγκατέλειψε την περιοχή τον Ιούνιο του 1821 και πέρασε μέσω της Κεντρικής Ευρώπης και της Ιταλίας στην Πελοπόννησο όπου εντάχθηκε στον κύκλο των συνεργατών του Δημητρίου Υψηλάντη. Το 1826 ανέλαβε να εκτελέσει παράτολμο σχέδιο, τη φυγάδευση του Αλέξανδρου Υψηλάντη από τις αυστριακές φυλακές, το οποίο όμως ματαιώθηκε μετά την άρνηση του τελευταίου. Ο Εμμ. Ξάνθος επέστρεψε στην Ελλάδα για σύντομο χρονικό διάστημα, τελικά όμως εγκαταστάθηκε στο Βουκουρέστι όπου και παρέμεινε επί δέκα περίπου χρόνια αντιμέτωπος με έντονα οικονομικά προβλήματα. Ο Ι. Φιλήμων το 1834 στο έργο του Δοκίμιον περί της Φιλικής Εταιρείας, επηρεασμένος από τον Αναγνωστόπουλο, κατηγόρησε τον Εμμ. Ξάνθο για κακή διαχείριση των χρημάτων της Φιλικής Εταιρείας. Ο Ξάνθος υπερασπίστηκε σθεναρά τον εαυτό του με απολογητικό υπόμνημα και ανάγκασε τον Φιλήμονα να αποσύρει τις κατηγορίες. Στα 1838 ο Όθων τον τίμησε για τις υπηρεσίες του στην πατρίδα. Το 1845 εξέδωσε τα Απομνημονεύματά του περί της Φιλικής Εταιρείας. Πέθανε το 1851 στην Αθήνα.