Ο Θεόκλητος Φαρμακίδης γεννήθηκε στα 1784 στο χωριό Νεμπεγλέρ (σημ. Νίκαια του νομού Λαρίσης). Το 1804, έχοντας ήδη χειροτονηθεί διάκονος, εγκαταστάθηκε στην Κωνσταντινούπολη όπου φοίτησε για μικρό χρονικό διάστημα στην Πατριαρχική σχολή, την οποία όμως σύντομα εγκατέλειψε για να εγκατασταθεί διαδοχικά σε άλλα κέντρα του ελληνισμού όπως οι Κυδωνίες, το Ιάσιο, το Βουκουρέστι και η Βιέννη. Στη Βιέννη εργάστηκε ως ιερέας στο ναό του Αγίου Γεωργίου και παράλληλα ασχολήθηκε με μεταφράσεις και δικές του μελέτες. Το 1816 μαζί με τον Κ. Κοκκινάκη ανέλαβε τη συνέχιση της έκδοσης του περιοδικού Λόγιος Ερμής. Οι πολιτικές και θρησκευτικές του αντιλήψεις τον οδήγησαν κατά καιρούς σε σύγκρουση με τους ορισμένους συντηρητικούς εκπροσώπους της ορθόδοξης εκκλησίας. Λίγο αργότερα με την ενίσχυση του λόρδου Γκίλφορντ γράφτηκε στο Πανεπιστήμιο του Γκαίττινγκεν με σκοπό να συμπληρώσει τις σπουδές του. Όταν ξέσπασε η Επανάσταση κατέβηκε το Μάιο του 1821 στην Καλαμάτα, όπου εξέδωσε την εφημερίδα Ελληνική Σάλπιγξ στο τυπογραφείο που είχε φέρει ο Δημήτριος Υψηλάντης. Εντάχθηκε στην ακολουθία του Δημ. Υψηλάντη και αναμείχθηκε ενεργά στις πολιτικές διεργασίες των επαναστατικών χρόνων συμμετέχοντας στον Αρειο Πάγο της Ανατολικής Στερεάς Ελλάδας, στις Εθνοσυνελεύσεις Επιδαύρου, Αργους κλπ. Την περίοδο 1824-1825 δίδαξε στην Ιόνιο Ακαδημία της Κέρκυρας και ακολούθως επιστρέφοντας στην Πελοπόννησο διορίστηκε εφημεριδογράφος της ελληνικής διοίκησης και αρχισυντάκτης της επίσημης εφημερίδας Γενική Εφημερίς της Ελλάδος. Μετά την ίδρυση του ελληνικού κράτους υπήρξε υπέρμαχος του χωρισμού της ελληνικής εκκλησίας από το πατριαρχείο Κωνσταντινούπολης και εμπνευστής του καταστατικού με το οποίο κηρύχθηκε το αυτοκέφαλο της ελληνικής εκκλησίας το 1833. Το καθεστώς λειτουργίας της ελληνικής εκκλησίας απορρόφησε το ενδιαφέρον του και τον οδήγησε στο επίκεντρο οξείας αντιπαράθεσης από την οποία απέκτησε φανατικούς πολέμιους και υποστηρικτές. Από το 1837 διατέλεσε καθηγητής του Πανεπιστημίου Αθηνών. Πέθανε στην Αθήνα το 1860. Συνέγραψε έργα όπως Χρηστομάθεια Ελληνική (1837), Απολογία (1840), Η Καινή Διαθήκη μετά υπομνημάτων αρχαίων, 7 τ. (1842-1845), Οικονόμος ο εξ Οικονόμων ή περί όρκου (1849) κ.ά.