Το Γυμνάσιο Καλυθιών ιδρύθηκε και λειτούργησε για πρώτη φορά ,το Δεκέμβριο του 1984. Συστεγάστηκε αρχικά με το Δημοτικό σχολείο, όπου του παραχωρήθηκαν 3 απαραίτητες διδακτικές αίθουσες. Ως γραφείο Γυμνασιάρχη και καθηγητών χρησιμοποιήθηκε το μικρό υπόγειο όπου παλαιότερα γινόταν διανομή συσσιτίου. Όταν αυξήθηκε το μαθητικό δυναμικό χρησιμοποιήθηκε ακόμα και ο νάρθηκας της εκκλησίας! Το 1987 αγοράστηκαν 4 λυόμενες αίθουσες, από τον τότε κοινοτάρχη κ. Στέφανο Κυριαζή και το κοινοτικό Συμβούλιο. Έτσι, οι αίθουσες έγιναν 6. Μετά από έντονες πιέσεις η πολιτεία με καθυστέρηση θεμελίωσε το σημερινό σχολείο και το Σεπτέμβρη του 1992 μετακόμισαν και εγκαταστάθηκαν οι μαθητές στο δικό τους χώρο. Ο τότε πρόεδρος και δήμαρχος Καλλιθέας κ. Ι. Ιατρίδης βοήθησε και μαζί με τις σχολικές επιτροπές εξόπλισαν το σχολείο με τον απαραίτητο σχολικό εξοπλισμό, και το σχολείο λειτούργησε αρχικώς με 3 τμήματα. Σήμερα έχει 9 τμήματα και αυξάνονται συνεχώς. Το 2008 με κονδύλια της Νομαρχίας και του Δήμου Καλλιθέας κλείστηκε το σχολείο με τζαμαρίες, κλείστηκαν κοινούριες αίθουσες,αλλάχθηκαν τα πλακίδια του εσωτερικού χώρου με αντιολησθητικά και φτιάχθηκε το 5χ5 που είναι ένα αληθινό κόσμημα για το σχολείο.Το 2011-2012 με πρωτοβουλία του σχολείου και της Δημοτικής Ενότητος Καλλιθέας προσαρτήθηκαν στο σχολείο δύο λυόμενες αίθουσες που μεταφέρθηκαν από το 1ο Δημοτικό σχολείο Καλυθιών(Καλλιμάθειο)- λόγω της ίδρυσης καί και 2ου Δημοτικού Σχολείου-για να ενταχθούν στο λειτουργικό πρόγραμμα του σχολείου