ΠΡΟΒΛΗΜΑΤΑ ΣΤΟ ΑΝΑΣΥΝΔΥΑΣΜΕΝΟ DNA

1. Σε μικρό κυκλικό μόριο DNA μήκους 2300 ζευγών βάσεων, το οποίο περιέχει 1000 αδενίνες επιδρά σε ένα μόνο σημείο η περιοριστική ενδονουκλεάση EcoRI. α) Ποια τα χαρακτηριστικά του μορίου που θα προκύψει; β) Πόσοι 3΄-5 φωσφοδιεστερικοί δεσμοί θα υπάρχουν και πόσοι δεσμοί υδρογόνου θα συγκρατούν μεταξύ τους τις συμπληρωματικούς κλώνους, στο μόριο DNA που θα προκύψει;
2. Ένα πλασμίδιο μήκους 10 Kbp (1 Kbp = 1000 ζεύγη βάσεων) διαθέτει δύο θέσεις στις οποίες μπορεί να δράσει η EcoRI και οι οποίες απέχουν μεταξύ τους 3 Kbp. Πόσα μόρια, τι είδους και τι μήκους DNA θα προκύψουν αν δράσει EcoRI στο μόριο αυτό;
3. Το ένζυμο EcoRI αποκόπτει μικρό γραμμικό δίκλωνο μόριο DNA σε δύο κομμάτια Α και Β. Το κομμάτι Α αποτελείται από 212 νουκλεοτίδια 40 από τα οποία περιέχουν τη βάση αδενίνη. α) Ποιος ο αριθμός των άλλων βάσεων του Α; β) Ποιος ο αριθμός των 3΄-5φωσφοδιεστερικών δεσμών που υπάρχουν στο κομμάτι Α; γ) Πόσοι δεσμοί υδρογόνου συγκρατούν μεταξύ τους τις συμπληρωματικές αλυσίδες του κομματιού Α; δ) Ποιος ο αριθμός του κάθε είδους βάσεων του κομματιού Β αν το αρχικό μόριο DNA περιείχε 400 3΄-5΄φωσφοδιεστερικούς δεσμούς και 85 αδενίνες;
4. Δίνεται το παρακάτω τμήμα μορίου DNA προκαρυωτικού κυττάρου.
   5'-GAATTCTTAATGCAAGATCATAAAGAATTCTAG- 3'

   3'-CTΤΑΑGAATTACGTTCTAGTATTTCTTAAGATC -5'

   To παραπάνω τμήμα DNA κόβεται με EcoRI, προκειμένου να ενσωματωθεί σε κατάλληλο πλασμίδιο που έχει κοπεί,με την ίδια περιοριστική ενδονουκλεάση, με τελικό σκοπό να εισαχθεί σε βακτήριο για την παραγωγή φαρμακευτικού πολυπεπτιδίου. Να βρείτε την αλληλουχία των αμινοξέων του πολυπεπτιδίου. Να αιτιολογήσετε την απάντηση σας.

5. Η μια αλυσίδα ενός μικρού γραμμικού μορίου DNA έχει την παρακάτω αλληλουχία βάσεων: CGCGAATTCGCAATTAGC. α) Αν δράσει στο μόριο αυτό η περιοριστική ενδονουκλεάση EcoRI να βρεθεί ο αριθμός α) των νουκλεοτιδίων, β) των δεσμών υδρογόνου θα συγκρατούν μεταξύ τους τις συμπληρωματικές αλυσίδες και γ) 3΄-5 των φωσφοδιεστερικών δεσμών που θα έχει κάθε κομμάτι από αυτά που θα δημιουργηθούν.
6. Η δράση μιας περιοριστικής ενδονουκλεάσης σε μόριο DNA έχει σαν αποτέλεσμα τη δημιουργία τριών γραμμικών μορίων DNA μήκους 2, 3 και 8 Kbp (1 kbp = 1000 ζεύγη βάσεων) αντίστοιχα. Σε πόσες περιοχές του μορίου έχει δράσει η περιοριστική ενδονουκλεάση;