Οι είναι μεγαλομοριακές ενώσεις. οι οποίες δεν μπορούν να περάσουν την κυτταρική μεμβράνη. Για το λόγο αυτό διασπώνται μέσα στον γαστρεντερικό σωλήνα σε , τα οποία απορροφούνται από το βλεννογόνο του εντέρου και μεταφέρονται στα κύτταρα, όπου χρησιμοποιούνται για τη σύνθεση και ως πηγή ενέργειας.

Η πέψη των πρωτεϊνών ξεκινά από το στομάχι, όπου το γαστρικό ενεργοποιεί τα πεψινογόνα σε , οι οποίες διασπούν τις πρωτεΐνες της τροφής. Χαρακτηριστική είναι η δράση της , που διασπά το κολλαγόνο του ιστού των τροφών.

Η πέψη των πρωτεϊνών συνεχίζεται στο με τη δράση του παγκρεατικού υγρού, με αποτέλεσμα τη διάσπαση των πρωτεϊνών σε και . Αυτά θα απορροφηθούν από το βλεννογόνο του εντέρου και θα περάσουν μέσω της κυκλοφορίας στον οργανισμό.