Οἱ Ὀσμανίδες, διὰ λόγους πολιτικούς (ὑποδαύλιζαν τὴν ἒριδα μεταξύ ἀνατολικῆς καὶ δυτικῆς ἑκκλησίας), θρησκευτικοὺς (τὸ Κοράνι ἐπέτρεπε τὴν λατρεία χριστιανῶν και ἑβραίων) καὶ διοικητικούς (ἡ ἀνύπαρκτη διοικητική-ὑπαλληλική τους ὀργάνωσις ἀδυνατοῦσε οὐσιαστικῶς νὰ διοικήση τὸ ἀχανές κράτος), ἀναγκάσθησαν νὰ παραχωρήσουν πράγματι κάποια προνόμια καὶ ἔδειξαν ἕνα βαθμὸ ἀνοχῆς πρὸς τοὺς Ρωμηοὺς ὑπηκόους τους, ὡς πρὸς τὴν λατρεία τους καὶ τὴν ἐκπαίδευσί τους, ὅμως ὑπῆρξαν περίοδοι καὶ περιοχές, στὶς ὁποῖες τὰ προνόμια ἀνεκλήθησαν ἢ κατεστρατηγεῖτο ἡ ἄσκησίς τους. Ἒτσι κατὰ τὸ πρῶτο ἥμισυ τῆς Τουρκοκρατίας ἡ μεταχείρισις τῶν ὑποδούλων ἦτο περισσότερο καταπιεστικὴ παρὰ κατὰ τὸ δεύτερο ἥμισυ. Ἀλλὰ καὶ κατὰ τόπους ἡ ἐφαρμογὴ τῶν σουλτανικῶν φιρμανίων ἐπαφίετο στὴν βούλησι, στὶς ἰδιορρυθμίες, καὶ στὸ φανατισμὸ τοῦ τοπικοῦ Ὀσμανίδου ἡγεμόνος.

Μέχρι τὰ μέσα τοῦ 17^ου αἰῶνος οὐσιαστικῶς ἐδιώκοντο οἱ θρησκευτικὲς καὶ οἱ ἐκπαιδευτικὲς ἐλευθερίες. ΄Ἔτσι ὁ Σελὴμ Α’ στὶς ἀρχὲς τοῦ 16^ου αἰῶνος ὁμιλοῦσε περὶ βιαίου ἐξισλαμισμοῦ ὅλων τῶν μὴ μουσουλμάνων. Ἐπὶ Σουλεϊμᾶν Α’ (1537) ἐκτελεῖτο ὡς ἄπιστος οἱοσδήποτε ἐτόλμα νὰ ἀμφισβητήση τὰ λόγια τοῦ προφήτου Μωάμεθ. Τὴν περίοδο τῆς βασιλείας τοῦ Μουρὰτ Δ’ (1623-1640) μάλιστα, ἐπεκράτησαν Μουσουλμάνοι μὲ τέτοιο βαθμὸ φανατισμοῦ, ὥστε οὔτε κὰν σὲ ὁμοθρήσκους τους δὲν ἐπέτρεπαν τὴν καθαρὴ ἐπιστημονικὴ γνῶσι, ἐὰν αὐτὴ δὲν ὑπηρετοῦσε τὸ Ἰσλάμ. Ἑπομένως εὐκόλως ἀντιλαμβάνεται κανεὶς πόσο δύσκολο θὰ ἦταν σὲ Χριστιανοὺς, νὰ διδάσκουν καὶ νὰ διδάσκονται ἐλευθέρως τὴν πίστη καὶ τὴν ἱστορία τους. Ὁ Γάλλος Ἰησουΐτης Ρισὰρ ἔγραψε στὰ μέσα του 17^ου αἰῶνος : «Νὰ σκεφθῆ κανεὶς ὅτι οὐδέποτε ἀπὸ τὴν ἐποχὴ τοῦ Νέρωνος, τοῦ Δομητιανοῦ καὶ τοῦ Διοκλητιανοῦ ἔχει ὑποστῆ ὁ Χριστιανισμὸς διωγμοὺς σκληρότερους ἀπὸ αὐτούς, ποὺ ἀντιμετωπίζει σήμερα ἡ ἀνατολικὴ Ἐκκλησία» (Ἱστορία τοῦ Ἑλληνικοῦ Ἔθνους, τόμ. 10, Ἀθήνα 1974, σ. 150).

Προφανῶς αὐτὲς οἱ συνθῆκες ἐπέβαλαν τὴν ἀνάγκη ἱδρύσεως τῶν Κρυφῶν Σχολειῶν, ἀφοῦ ἔτσι μόνο θὰ μποροῦσε νὰ ἱκανοποιηθῆ ὁ πόθος τῶν Ἑλλήνων νὰ διδάξουν καὶ νὰ διδαχθοῦν καὶ μάλιστα ἐκεῖνα τὰ «κείμενα» ποὺ ἐτόνωναν τὸ θρησκευτικὸ συναίσθημα, ἐνίσχυαν τὸ ἐθνικὸ φρόνημα καὶ ἐθέριευαν τὴ λαχτάρα τῆς ἐλευθερίας.

Ἀλλὰ καὶ ἀπὸ τὰ μέσα τοῦ 17^ου αἰῶνος, παρὰ τὴν χαλάρωσι καὶ τὴν ἀνοχὴ ποὺ ἐπέδειξε ὁ ὀσμανικὸς ζυγὸς στὸν ἐκπαιδευτικὸ τομέα τῶν ραγιάδων, ποὺ εἶχε ὡς ἀποτέλεσμα τὴν ἵδρυσι ἀπὸ τὴν Ἐκκλησία καὶ τοὺς ἐθνικούς μας εὐεργέτες, σημαντικῶν ἐκπαιδευτικῶν ἱδρυμάτων, δὲν ἐξέλιπεν ἡ ἀνάγκη τῶν Κρυφῶν Σχολειῶν, λόγω κυρίως τῶν φανατικῶν τοπικῶν ἀγάδων οἱ ὁποῖοι ἀπηγόρευαν ἀκόμη καὶ τὴν χρήση τῆς ἑλληνικῆς γλώσσας. Στὴν Αἴγυπτο π.χ. τὸν 18^ο αἰώνα, ὅπως ἀναφέρει ὁ ἱστορικὸς συγγραφεὺς Ἀθανάσιος Κομνηνὸς Ὑψηλάντης, ὁ τοπικὸς ἡγεμὼν ἔκοψε τὶς γλῶσσες 30.000 Ἑλλήνων, ἐπειδὴ ἐπέμεναν νὰ ὁμιλοῦν τὴν ἑλληνική, παρὰ τὴν σχετικὴ ἀπαγόρευσί του. Ἑπομένως μόνο μὲ τὴν ὕπαρξι Κρυφῶν Σχολειῶν καὶ τῶν ἠρωϊκῶν κληρικῶν μπορεῖ νὰ δικαιολογηθῆ ἡ διάσωσις τῆς πίστεως καὶ τῆς γλῶσσας μας, κάτω ἀπὸ τέτοιες συνθῆκες τρόμου καὶ διωγμῶν.

Ἐκεῖ ὁ παπὰς καὶ ὁ διάκος, στὰ ὑπόγεια τῶν ἐκκλησιῶν, καὶ τῶν μοναστηριῶν, ὑπὸ τὸ τρεμάμενο φῶς τῶν καντηλιῶν καὶ τῶν κεριῶν, καὶ μὲ τὴν διαρκῆ ἀγωνία τῆς ἀποκαλύψεως, προσεπάθει μὲ τὴν Ὀκτώηχο καὶ τὸ ψαλτήρι νὰ διδάξη λίγα γράμματα, νὰ μεταδώση λίγες γνώσεις, νὰ ἐμφυσήση τὴν ἀγάπη πρὸς τὴν πατρίδα καὶ τὸν Χριστό, στὰ ταλαίπωρα ἑλληνόπουλα, ποὺ ἀψηφῶντας τὸ κρύο καὶ τοὺς κινδύνους τῆς νύκτας, διέσχιζαν βουνὰ καὶ λαγκάδια καὶ μὲ τὸ φόβο νὰ τοὺς ἀντιληφθῆ ὁ ἐχθρός, προσέτρεχαν μὲ δίψα καὶ λαχτάρα στοὺς δασκάλους αὐτοὺς ὑπὸ τὸ φῶς τοῦ φεγγαριοῦ, ὅπως διασώζει καὶ ἡ λαϊκή μας παράδοσις :

Αὐτὴν ἀκριβῶς τὴν εἰκόνα  ἀποτυπώνει καὶ στὸν περίφημο πίνακά του, «τὸ κρυφὸ σχολειό» ὁ Γύζης, καθιστώντας περιττὴ κάθε περιγραφὴ μὲ λέξεις.

Πέραν ἀπὸ τὴν πληθώρα μαρτυριῶν διὰ τὴν ὕπαρξι τῶν Κρυφῶν Σχολειῶν, καὶ τὴν καταγραφή τους ἀπὸ λογίους καὶ ἱστορικοὺς ἀμέσως μετὰ τὴν ἀπελευθέρωσι καὶ τὴν ἵδρυσι τοῦ πρώτου ἑλληνικοῦ κρατιδίου, τὴν ὕπαρξί τους ἐπιβεβαιώνει ἡ ἀδιάψευστη μαρτυρία τῶν τοπωνυμίων. Ἀνὰ τὴν ἐπικράτεια ὑποδεικνύονται μέρη, ὅπου ἡ τοπικὴ παράδοσις καὶ ἡ μνήμη τῶν γενεῶν θυμοῦνται τὴν λειτουργία Κρυφοῦ Σχολειοῦ. Ὡς τέτοια μέρη μνημονεύονται ἡ Ι. Μονὴ Φιλοσόφου τῆς Δημητσάνης, ἡ Μονὴ Στρατηγοπούλου ἢ Μονὴ Ντίλιου στὸ νησὶ τῶν Ἰωαννίνων, ἐνῶ τοπωνύμιο Κρυφὸ Σχολειὸ ὑπάρχει καὶ στὴν Ἴο τῶν Κυκλάδων. Ἐπίσης στὸ χωριὸ Βέργοια Λακωνίας ὑπάρχουν δυὸ σημεῖα, ποὺ ὁ λαὸς ὀνομάζει «Κρυφὰ Σχολειά», ἀλλὰ καὶ στὴν Κρήτη ἐπίσης ὑποδεικνύονται ὡς τόποι λειτουργίας Κρυφῶν Σχολειῶν στὶς Μονὲς Φανερωμένης, Τοπλοῦ, Κρεμαστῶν, Καρδαμίτζας, Μεραμπέλλου κ.ἅ.