Στο κέντρο της πόλης βρίσκονται πολλά μνημεία των μεσαιωνικών χρόνων της Κρήτης, που δείχνουν την μεγάλη της ακμή στα χρόνια αυτά.

Ανεβαίνοντας από λιμάνι, συναντάς το πρώτο σπουδαίο μνημείο, την Λότζια που στεγάζει σήμερα το Δημοτικό Συμβούλιο και μέρος των Υπηρεσιών του Δήμου Ηρακλείου. Η Λότζια, που υπήρξε Λέσχη του Δούκα και των αξιωματούχων της Κρήτης, στολισμένη με γλυπτά οικόσημα, τρόπαια, με 82 μετώπες κ.ά. συγκέντρωνε επί αιώνες τους άρχοντες για την αναψυχή και τα παιγνίδια τους αλλά και τις επίσημες τελετές τους. Οι στοές της χρονολογούνται από τον 14ο αιώνα, η τελική της μορφή από τις αρχές του 17ου. Ηταν κτισμένη στην PIAZZA DEI SIGNORI (των Διοικητικών Αρχών).

Θεωρείται το κομψότερο βενετσιάνικο μνημείο, που το 1987 πήρε το πρώτο βραβείο EUROPA NOSTRA, ως το πιο καλά αναπαλαιωμένο και συντηρημένο Ευρωπαϊκό μνημείο της χρονιάς.

Βόρεια και ανατολικά της Λότζιας, στην ομώνυμη πλατεία βρίσκεται ο ναός του Αγίου αποστόλου Τίτου, ιδρυτή της χριστιανικής εκκλησίας της Κρήτης. Στα χρόνια της Βενετοκρατίας αποτελούσε το κέντρο της χριστιανικής Κρήτης και το προσκύνημα στον ναό ισοδυναμούσε με προσκύνημα στους Αγίους Τόπους.

Νότια της Λότζιας, είναι η βασιλική του Αγίου Μάρκου που κτίστηκε το 1239 στην PLAZZA DELLE BIADE (πλατεία των Σιτηρών) κι ήταν ο καθεδρικός Ναός της Κρήτης. Ανήκε στο Δούκα της και στο χώρο της θάβονταν οι Δούκες. Σήμερα ο Άγιος Μάρκος στεγάζει την Δημοτική Πινακοθήκη Ηρακλείου.

Σε απόσταση λίγων μέτρων από την Εκκλησία, βρίσκεται το περίτεχνο σιντριβάνι, γνωστό με το όνομα «Λιοντάρια»  με τον εξαιρετικό γλυπτό διάκοσμό του με θέματα του ζωικού βασιλείου και της θάλασσας. Κτίστηκε στις πρώτες δεκαετίες του 17ου αιώνα από τον Φραγκίσκο Μοροζίνι, για να στολίσει την πλατεία αλλά και να προσφέρει πολύτιμο νερό στην μεγάλη πολιτεία.

Νοτιοδυτικά της πλατείας των Λιονταριών, σε απόσταση 100 μέτρων, βρίσκεται το Μεσαιωνικό Μοναστήρι της Αγίας Αικατερίνης που υπήρξε το Κρητικό Πανεπιστήμιο του Μεσαίωνα και ανέδειξε πλήθος Ευρωπαίων καλλιτεχνών, φιλοσόφων, εκκλησιαστικών πατέρων, ποιητών και συγγραφέων. Σήμερα, η Αγία Αικατερίνη στεγάζει μία πλούσια και σπουδαία συλλογή πινάκων της Κρητικής Αγιογραφίας.

Λίγα μέτρα από την Αγία Αικατερίνη ορθώνεται ο Μητροπολιτικός Ναός του Αγίου Μηνά που είναι ο προστάτης Άγιος του Ηρακλείου και διέσωσε τους Χριστιανούς της πόλης από την σφαγή, όταν οι Τούρκοι, νωρίς τον 19ο αιώνα επιχείρησαν να τους εξολοθρεύσουν. Ο ναός χτιζόταν τριάντα περίπου χρόνια και εγκαινιάστηκε το 1896 με μεγαλόπρεπες τελετές και λαμπρό εορτασμό. Δίπλα του βρίσκεται η μικρή εκκλησία του Αγίου Μηνά, παλαιότερη και καταστόλιστη με έξοχες αγιογραφίες στους τοίχους και εικόνες μεγάλων Αγιογράφων.

Στο κέντρο του Ηρακλείου, στο βορειοανατολικό άκρο της πλατείας Ελευθερίας βρίσκεται το μεγάλο Αρχαιολογικό Μουσείο της Κρήτης, όπου χιλιάδες επισκέπτες, βλέπουν τους αμύθητους θησαυρούς των Μινωικών, των αρχαίων, των κλασικών, των Ελληνιστικών και των Ρωμαϊκών χρόνων της Κρήτης.

Στο λιμάνι ορθώνεται μεγαλόπρεπο το φρούριο, ο Κούλες , που επί αιώνες, προστάτευε την πολιτεία αλλά χρησίμεψε και σαν υγρή φυλακή γεμάτη από φυλακισμένους που αλυσοδεμένοι ζούσαν στις πελώριες, σκοτεινές στοές και αίθουσές του.

Δυτικά από το λιμάνι του Ηρακλείου, βρίσκεται το Ιστορικό Μουσείο Κρήτης, όπου φυλάσσονται οι θησαυροί των Χριστιανικών, των Βυζαντινών, των Μεσαιωνικών, και των νεωτέρων χρόνων της Μεγαλονήσου. Καλλιτεχνικά έργα του λαϊκού πολιτισμού της Κρήτης, κάποια έργα του μεγάλου ζωγράφου ΕL GRECO, που γεννήθηκε και σπούδασε ζωγραφική στο Ηράκλειο καθώς και αγιογραφίες της περίφημης Αγιογραφικής Κρητικής Σχολής, στολίζουν το σπουδαίο αυτό Μουσείο. Ένα πρότυπο κρητικό σπίτι και δύο αίθουσες με ενθυμήματα του μεγάλου συγγραφέα Νίκου Καζαντζάκη στεγάζονται επίσης στο ίδιο Μουσείο.

Το Ηράκλειο ζώνεται από τα πελώρια ενετικά τείχη του, που τα προστάτευαν από τους εχθρούς και ανάδειξαν την πρωτεύουσα στην πιο καλά οχυρωμένη πολιτεία της Μεσογείου. 25 χρόνια άντεξε την πολιορκία των Τούρκων, που πήραν τελικά την πόλη ύστερα από προδοσία Βενετσιάνου Μηχανικού, που τους έβαλε νύχτα, από μυστική είσοδο, μέσα στο Ηράκλειο.

Στο νότιο τείχος ορθώνεται ο προμαχώνας Μαρτινέγκο, όπου έχει θαφτεί ο μεγάλος Κρητικός συγγραφέας Νίκος Καζαντζάκης, ενώ νοτιότερα βρίσκεται η παλιά Πύλη -είσοδος της πόλης προς τη Δυτική Κρήτη, η γνωστή Χανιώπορτα.

Νότια της σημερινής πόλης, βρίσκονται τα ανάκτορα της Κνωσού .

Εκκλησίες του χθες και του σήμερα, κρήνες, προμαχώνες, και μεσαιωνικοί δρόμοι, στολίζουν ακόμη το Ηράκλειο, που σφύζει από ζωή και κίνηση μέρα και νύχτα.