Ο Παπαφλέσσας, γεννήθηκε το 1788 στο χωριό Πολιανή της Πελοποννήσου και ήταν μέλος οικογένειας προεστών από την Μεγαλόπολη. Το 1808 σπούδασε στη σχολή της Δημητσάνας και το 1816 έγινε μοναχός. Ωστόσο, η σύγκρουσή του με ορισμένους ισχυρούς τοπικούς παράγοντες, χριστιανούς και μουσουλμάνους, τον υποχρέωσαν κατά το 1817 να εγκαταλείψει την Πελοπόννησο και να κατευθυνθεί αρχικά στη Ζάκυνθο και κατόπιν στην Κωνσταντινούπολη. Εκεί εντάχθηκε στο περιβάλλον του πατριαρχείου και χειροτονήθηκε αρχιμανδρίτης.

Το 1818 μυήθηκε στη Φιλική Εταιρεία και εξελίχθηκε γρήγορα σε έναν από τους πλέον δραστήριους Φιλικούς. Έγινε μέλος της Αρχής της Εταιρείας και πήρε μέρος στη σημαντική σύσκεψη στο Ισμαήλιο (Οκτώβριος 1820), όπου χάρις και στη δική του ενεργητική παρέμβαση αποφασίστηκε η κάθοδος του Αλέξανδρου Υψηλάντη στην Πελοπόννησο και, συνακολούθως, η έναρξη της ελληνικής επανάστασης. Ο ίδιος ανέλαβε το έργο των τελικών προετοιμασιών στην Πελοπόννησο και έφθασε εκεί στις αρχές Ιανουαρίου του 1821. Αν και δεν γνώριζε την αλλαγή των σχεδίων του Υψηλάντη, προέβη σε δραστήριες κινήσεις και πέτυχε την έναρξη της επανάστασης κατά το τελευταίο δεκαήμερο του Μαρτίου.

Έλαβε μέρος σε καθοριστικές για την εδραίωση της επανάστασης στρατιωτικές ενέργειες, όπως στην κατάληψη της Καλαμάτας, στην πολιορκία της Τριπολιτσάς και της Κορίνθου (1821), καθώς και στην επιτυχημένη αντιμετώπιση του Δράμαλη το καλοκαίρι του 1822. Ταυτόχρονα, συμμετείχε δυναμικά στις πολιτικές διεργασίες του επαναστατημένου έθνους, τασσόμενος αρχικά στο πλευρό του Δημήτριου Υψηλάντη. Μετά την Β΄ Εθνοσυνέλευση (1823) εκλέχτηκε υπουργός των Εσωτερικών και Αστυνομίας και από τη θέση αυτή συμμετείχε στις εμφύλιες συγκρούσεις του 1824 εναντίων του Κολοκοτρώνη και των κοτζαμπάσηδων της Πελοποννήσου. Μετά την πρώτη αποτυχημένη προσπάθεια εκστρατείας εναντίων των δυνάμεων του Ιμπραήμ στη Μεσσηνία (Κρεμμύδι, 7 Απριλίου 1825) προσπάθησε να οργανώσει ο ίδιος μια νέα εκστρατεία. Τελικά εκείνοι που τον ακολούθησαν ήταν σχετικά λίγοι (περίπου χίλιοι πεντακόσιοι) και ακόμη λιγότεροι (περίπου πεντακόσιοι) εκείνοι που τελικά παρέμειναν στο πεδίο της μάχης, στο Μανιάκι, για να αντιπαρατεθούν στους περίπου τρεις χιλλιάδες ενόπλους του Ιμπραήμ. Πέθανε πολεμώντας στις 19 Μαΐου 1827.