Το κτίριο εκτός από το Ορφανοτροφείο, στέγασε μεταξύ αλληλοδιδακτικά σχολεία, επαγγελματικά εργαστήρια εκμάθησης τεχνών, τη Δημόσια Εθνική Βιβλιοθήκη, το Εθνικό Αρχαιολογικό Μουσείο, τη Στρατιωτική Σχολή Ευελπίδων, το Εθνικό Τυπογραφείο και το Εθνικό Ωδείο.
Αργότερα, από το 1880 και για έναν περίπου αιώνα λειτούργησαν ως φυλακές ποινικών και πολιτικών κρατουμένων.
Ιδρύθηκε με απόφαση του κυβερνήτη Ιωάννη Καποδίστρια
για να στεγάσει τα ορφανά του Εθνικοαπελευθερωτικού Αγώνα.
Το κτίριο είναι γνωστό ως Φυλακές της Αίγινας. Το κτίριο δημιουργηθηκε σε έκταση 20 στρεμμάτων. Μετα από κάποιο διάστημα ο «φιλόπολις» Αιγινήτης Μιχαήλος Μαλλούκαης παραχώρησε και την μπροστινή έκταση έως και την παραλία για να χρησιμοποιηθει σαν κήπος και χώρος καλλιεργειών για το Ίδρυμα.
Η οικοδομή άρχισε την άνοιξη του 1828 και ολοκληρώθηκε στα τέλη Μαρτίου του 1829, σε λιγότερο από έναν χρόνο. Το κόστος έφτασε σε 515.371 γρόσια (206.148.4 φοίνικες).
Η ανέγερση του Ορφανοτροφείου απασχόλησε περισσότερους από 1.200 εξαθλιωμένους πρόσφυγες, άνδρες, γυναίκες και παιδιά, κυρίως από την Αθήνα.
Από τις 9 Μαρτίου 1829 μεταφέρθηκαν στο κτήριο τα πρώτα 500 ορφανά, από τα οποία 160 εφιλοξενούτο στο Μοναστήρι του Πόρου, και άλλα 250 από το Ναύπλιο. Ανάμεσά τους και αυτά από το Μεσολόγγι, που εξαγοράστηκαν από τα σκλαβοπάζαρα της Αιγύπτου, καθώς και πολλά που ζούσαν σε λάκκους και αρχαίους τάφους στην Αίγινα.
Στην είσοδο έγραψαν την επιγραφή: Ο ΚΥΒΕΡΝΗΤΗΣ ΤΟ ΟΡΦΑΝΟΤΡΟΦΕΙΟΝ ΤΟΔΕ ΑΝΗΓΕΙΡΕ ΕΝ ΕΤΕΙ ΧΗΗΗΗΔΔΙΙΙ (1828) η οποία διατηρείται μέχρι και σήμερα.
Αρχικά, επικεφαλής του Ιδρύματος διορίστηκε ο αδελφός του Κυβερνήτη, Βιάρος Καποδίστριας. Στην τριμελή διοικητική επιτροπή ανήκαν ο Γρηγόριος Κωνσταντάς, Λεόντιος Καμπάνης.
Εκτός από τα στοιχειώδη –ανάγνωση, γραμματική και αριθμητική–, οι μαθητές ασκούνται στη μουσική, στη γυμναστική και στη «σκιαγραφία» (ιχνογραφία). Παράλληλα, λειτουργούν και πολλά χειροτεχνεία, επαγγελματικά δηλαδή εργαστήρια για την εκπαίδευση των παιδιών σε κάποια βιοποριστική τέχνη. Από τον Ιανουάριο 1831 καταβάλλεται στους μικρούς μαθητές και μία μικρή αμοιβή, ως ένα μικρό πρώτο κεφάλαιο για την έναρξη της επαγγελματικής τους σταδιοδρομίας, μετά την αποφοίτηση. Με μέριμνα του Κυβερνήτη, ιδρύθηκε και λειτούργησε στο Ορφανοτροφείο και Ελληνικό Ωδείο, όπου διδασκόταν εκκλησιαστική και δυτική μουσική, και διατάχθηκε η αγορά 12 τετραχόρδων οργάνων (βιολιών). Επίσης, στεγάζεται η Εθνική Βιβλιοθήκη. Διευθυντής και έφορος του Εθνικού Μουσείου και της Εθνικής Βιβλιοθήκης διορίζεται ο Μουστοξύδης. Συνέταξε οργανισμό λειτουργίας και οργάνωσης της Αρχαιολογικής Υπηρεσίας, θέτοντας τις βάσεις της. Εργάστηκε με ιδιαίτερη επιμέλεια και συνέλεξε αρχαιότητες από διάφορα μέρη.