Φλαμανδός γεωγράφος και χαρτογράφος, θεωρείται ο θεμελιωτής της σύγχρονης χαρτογραφίας. Μετά τις βασικές του σπουδές στη θεολογία και τα λατινικά, σπούδασε, επίσης, ανθρωπιστικές επιστήμες και φιλοσοφία.

Έχοντας ερωτήματα σχετικά με την προέλευση του σύμπαντος και επηρεασμένος από τις μεγάλες εξερευνήσεις της εποχής του, ο Μερκάτωρ αφοσιώθηκε στη μελέτη των μαθηματικών, της γεωγραφίας και της αστρονομίας, ενώ, παράλληλα, επιδόθηκε στην εκμάθηση της χαρακτικής και της καλλιγραφίας.

Το 1534 δημιούργησε ένα εργαστήριο κατασκευής γεωγραφικών χαρτών, με επιστημονικά όργανα και εργαλεία που σχεδίαζε και κατασκεύαζε ο ίδιος. Το 1541 κατασκεύασε μια υδρόγειο σφαίρα και δύο χρόνια αργότερα (1551) μια ουράνια σφαίρα.

Το 1544, οι απόψεις που υιοθετούσε ο Μερκάτωρ περί σφαιρικότητας της Γης προκάλεσαν την αντίδραση της Εκκλησίας που τον κατηγόρησε ως αιρετικό και τον φυλάκισε. Απελευθερώθηκε μόνο χάρη στις ενέργειες ισχυρών φίλων του και συνέχισε τις μελέτες του.

Το 1554 δημοσίευσε, σε έξι φύλλα, ένα χάρτη της Ευρώπης, υπόδειγμα χαρτογράφησης για πολλές δεκαετίες.

Η μεγάλη συμβολή του Μερκάτορα στη χαρτογραφία υπήρξε η απεικόνιση σε επίπεδο της σφαιρικής επιφάνειας της Γης. Στους χάρτες που κατασκεύασε με τη μέθοδο αυτή, γνωστή σήμερα ως «μερκατορική ή μερκατόρεια προβολή», οι μεσημβρινοί αποδίδονται με ευθείες παράλληλες μεταξύ τους, πράγμα που συνεπάγεται μια σχετική μεγέθυνση των γήινων εκτάσεων, ανάλογα με την απόστασή τους από τον ισημερινό. Οι χάρτες αυτοί, που χρησιμοποιούνται και σήμερα, αποδείχτηκαν εξαιρετικά χρήσιμοι για τους ναυτικούς στα υπερπόντια ταξίδια τους.

Το 1569, ο Μερκάτωρ άρχισε να δημοσιεύει ένα μεγάλο Άτλαντα (αυτός χρησιμοποίησε για πρώτη φορά τον όρο Άτλας για να χαρακτηρίσει μια συστηματική συλλογή γεωγραφικών χαρτών) με χάρτες στους οποίους θέλησε να περιγράψει την ιστορία του κόσμου από την αρχή της Δημιουργίας.

Οι χάρτες του Μερκάτορα είναι σήμερα μουσειακά αντικείμενα τεράστιας αξίας, όχι μόνο από χαρτογραφική και ιστορική αλλά, σε μεγάλο βαθμό, και από καλλιτεχνική άποψη.