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Modèle: II. Paramétrage et validation. J. comput. Chem. 23 (2002) 1623 – 1641. [LaBute 2008] LaBute, P.; Le modèle de solvant implicite de Born/volume intégral (GB/VI) généralisé: estimation de l`énergie libre d`hydratation utilisant la dispersion de Londres au lieu de surface atomique; J. comput.

Chem. 29 (2008) 1963 – 1968. [Feldman 2010] Feldman, HJ, LaBute, P.; Similarité de poche: les atomes de carbone alpha suffisent-ils? J. Chem. inf. modèle. 50 (2010) 1466 – 1475. [Chan 2010] Chan, S.L., LaBute, P.; Formation d`une fonction de notation pour l`alignement des petites molécules; J. Chem. inf. modèle.

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L`application de préparation de la structure identifie et corrige automatiquement de nombreux problèmes rencontrés dans les données cristallographiques telles que les boucles manquantes, les résidus vides, les terminaisons de chaînes ou les ruptures, les liaisons disulfures manquantes ou les noms d`atomes, la cueillette des autres conformations, etc. Optimisation du réseau de liaison hydrogène peut être fait en naviguant à travers différents États Tautomer/ionisation ou automatiquement en utilisant Protonate3D [LaBute 2008]. Protonate3D calcule les États de protonation optimaux, y compris le titrage, le rodompteur et les «flips» à l`aide d`une recherche combinatoire à grande échelle. NAMD NAMD Guide de l`utilisateur version 2.7 B1 (2009) Université de l`Illinois; www. KS. uiuc. edu/research/namd. [LaBute 2001] LaBute, P., Williams, C., Feher, M., Sourial, E., Schmidt, J. M.; Alignement flexible des petites molécules; J. med. Chem. 44 (2001) 1483 – 1490.

. . Cette page présente les champs de modèles opérationnels qui sont utilisés dans une étude examinant leur capacité de prévision pour la cyclogenèse tropicale dans les bassins de l`est du Pacifique et de l`Atlantique Nord. Evaluer la fiabilité des structures prédites avec des mesures statistiques de qualité dérivées des données cristallographiques à rayons X. Les diagrammes de visualisation interactifs tels que les parcelles Ramachandran, l`énergie de déformation du rodompteur, l`énergie de solvatation, les affrontements atomiques non liés et la géométrie dorsale peuvent être utilisés en combinaison avec des tableaux de données brutes pour une analyse géométrique détaillée afin d`identifier et d`isoler les régions de les structures prédites qui nécessitent un traitement ultérieur. Exportez des rapports textuels et des graphiques vers des fichiers image. Recherchez la base de données de la famille structurelle pour identifier les familles de protéines pertinentes pour la prédiction de structure. La recherche utilise un alignement local de type FastA suivi d`un test d`appartenance à la famille basé sur l`alignement multiple complet et le test de signification du score Z. Les plis d`homologues même éloignés peuvent être identifiés de manière fiable avec peu de faux positifs (contrairement aux recherches par paires).

Exécutez la recherche en parallèle avec la technologie de cluster MOE/SMP pour effectuer des identifications de génome entier en temps opportun.