Αν και δεν είναι τόσο γνωστός στο ευρύ κοινό, ο ναός συγκέντρωσε το ενδιαφέρον των μελετητών, ήδη από τον 19ο αιώνα, εξαιτίας των ιδιαιτεροτήτων, οι οποίες τον καθιστούν ένα μοναδικό μνημείο. Τις ιδιαιτερότητες αυτές θα προσπαθήσουμε να παρουσιάσουμε.
Οι αρχαίοι ναοί είχαν προσανατολισμό από Ανατολή προς Δύση και η κύρια είσοδος του ναού βρισκόταν στην ανατολική πλευρά.
Ο ναός του Απόλλωνα, αντίθετα, έχει προσανατολισμό από Βορρά προς Νότο. Προσπαθώντας οι επιστήμονες να ερμηνεύσουν τη διαφορετικότητα αυτή κατέληξαν στο συμπέρασμα ότι η έλλειψη αρκετού χώρου ήταν αυτή που ανάγκασε τους κατασκευαστές να τοποθετήσουν διαφορετικά τον ναό. Υπάρχει όμως και η άποψη ότι ο συγκεκριμένος προσανατολισμός οφείλεται στην ιδιαίτερη θρησκευτική παράδοση των Αρκάδων, αφού υπάρχουν και άλλοι ναοί με ανάλογο προσανατολισμό, όπως ο ναός της Αθηνάς στην Αλίφειρα ή της Αθηνάς Σωτείρας στην Ασέα. Τέλος, θα πρέπει να αναφερθεί και η άποψη του Ν. Γιαλούρη, ο οποίος συνδυάζει τον ασυνήθιστο προσανατολισμό με τη σχέση του Απόλλωνα με τις «Υπερβόρειες χώρες».
Ο ναός είναι δωρικός, (αν και συνδυάζει στοιχεία και του ιωνικού και του κορινθιακού ρυθμού), διπλός εν παραστάσι περίπτερος
Οι κίονες είναι δωρικοί και είναι 6 στις στενές πλευρές και 15 στις μακριές. Εδώ έχουμε μια ιδιορρυθμία σε σύγκριση με τους λοιπούς ναούς, στους οποίους συνήθως οι κίονες στις μακριές πλευρές ήταν διπλάσιοι συν ένας των κιόνων των στενών πλευρών.
Το μήκος του ναού σε συνδυασμό με τον αριθμό των κιόνων σχηματίζει ένα επίμηκες κτήριο, που είναι χαρακτηριστικό κυρίως των αρχαϊκών χρόνων. Τα στοιχεία αυτά παραπέμπουν στο ναό του Απόλλωνα στους Δελφούς, ο οποίος φαίνεται ότι χρησίμευσε ως πρότυπο. Ίσως θα έπρεπε να τονίσουμε και τη στενή σχέση των Βασσών με το μαντείο των Δελφών.
Ακόμη μία ιδιομορφία είναι ότι οι κίονες της βόρειας πλευράς είναι παχύτεροι από τους κίονες των άλλων πλευρών.
Τέλος, απουσιάζει η ένταση, ένα άλλο χαρακτηριστικό των κιόνων.
Ο ναός αποτελείται από πρόναο, οπισθόδομο, σηκό και άδυτο. Ο πρόναος είναι βαθύτερος από τον οπισθόδομο. Υπήρχαν ανάμεσα στον πρόναο και το σηκό κιγκλιδώματα και η επικοινωνία γινόταν μέσω μεγάλης θύρας που σχημάτιζε παραστάδες.
Το νεωτερικό στοιχείο του ναού είναι μια μικρότερη θύρα στον ανατολικό τοίχο του σηκού, στο ύψος του αδύτου. Σύμφωνα με τους μελετητές στο άδυτο θα υπήρχε απέναντι ακριβώς από τη θύρα το λατρευτικό άγαλμα του θεού με την πρόσοψη στραμμένη προς την Ανατολή ή κάποιος βωμός, που θα φωτιζόταν όταν ανέτειλε ο ήλιος.
Η διευθέτηση του σηκού
Εκείνο το στοιχείο όμως που προκαλεί κάθε μελετητή του ναού είναι η διαμόρφωση του εσωτερικού χώρου του σηκού. Ως συνήθως στους άλλους ναούς υπάρχει μια εσωτερική κιονοστοιχία σε σχήμα Π στην οποία στηρίζεται η στέγη. Στη συγκεκριμένη περίπτωση όμως, η εσωτερική κιονοστοιχία έχει αντικατασταθεί από πέντε ζεύγη ιωνικών ημικιόνων. Οι ημικίονες εφάπτονται σε λεπτούς τοίχους, οι οποίοι με τη σειρά τους εφάπτονται στον τοίχο του σηκού, σχηματίζοντας με αυτόν τον τρόπο μικρές κόγχες. Το νοτιότερο ζεύγος των ημικιόνων ενώνεται με τους τοίχους του σηκού σχηματίζοντας γωνία 45 μοιρών. Οι κίονες έχουν έντεκα ραβδώσεις. Τα ιωνικά ημικιονόκρανα με εχίνο σχημάτιζαν στην πρόσοψη δύο ελικωτές απολήξεις και από μία στα πλάγια.
Ανάμεσα στο νοτιότερο ζεύγος των ημικιόνων υπήρχε ελεύθερος κίονας που είχε το αρχαιότερο κορινθιακό κιονόκρανο στην ελληνική αρχιτεκτονική.
Το λατρευτικό άγαλμα θα πρέπει να ήταν μπροστά από τον κορινθιακό κίονα. Υπάρχει βεβαίως και άλλη άποψη, σύμφωνα με την οποία δεν υπήρχε ανθρωπόμορφο λατρευτικό άγαλμα του θεού, αλλά ο κίονας αποτελούσε την ανεικονική παράσταση της θεότητας. Η κιονολατρία δεν ήταν άγνωστη στην Αρκαδία. Ο Απόλλωνας παριστάνεται με την ανεικονική αυτή μορφή, έχοντας την επωνυμία Αγυιέας. Σύμφωνα, άλλωστε, με τον Παυσανία, ο Απόλλωνας παριστανόταν με μορφή πυραμίδας στο γυμνάσιο των Μεγάρων, ενώ στο ιερό του Πυθίου Απόλλωνα στην Τεγέα λατρευόταν σε σχήμα κιονίσκου.
Τον κυρίως χώρο του σηκού διέτρεχε εσωτερικά ιωνικός θριγκός, που αποτελούνταν από χαμηλό ιωνικό επιστύλιο, πάνω στο οποίο στηριζόταν η περίφημη ιωνική ζωφόρος.
Το εσωτερικό του ναού. Πίνακας του Cockerrel R. A. 1788 - 1863