Πριν ξεκινήσει μια αποικιακή προσπάθεια, ο οικιστής απευθυνόταν σε κάποιο μαντείο, συνήθως σε εκείνο των Δελφών, ζητώντας συμβουλές τόσο για τον τόπο εγκατάστασης όσο και για το χρόνο πραγματοποίησης της αποστολής. Πάνω, σε υδρία του Ε΄ αι. π.Χ. εικονίζεται ο Απόλλων καθισμένος στον μαντικό τρίποδα να ταξιδεύει με τη σκέψη [Ρώμη, Μουσείο του Βατικανού].

Οι ελληνικές αποικίες που δημιουργήθηκαν κατά τον Β΄ αποικισμό (8ος-6ος αι. π.Χ.) δεν προέκυψαν ως αποτελέσματα τυχαίων πρωτοβουλιών κάποιων ομάδων ανθρώπων. Σε όλες τις περιπτώσεις, οι αποικίες ιδρύθηκαν ως αυτόνομες πόλεις υπό την αιγίδα κάποιας πόλης-κράτους του ελλαδικού χώρου. Αυτή η πόλη-κράτος που με πρωτοβουλία της ιδρυόταν η αποικία ονομαζόταν μητρόπολη.

Μητρόπολη μπορούσε να γίνει μία οποιαδήποτε πόλη του κυρίως ελλαδικού χώρου, που λειτουργώντας ουσιαστικά ως μητέρα-πατρίδα έστελνε κατοίκους στη νέα αποικία. Σε ορισμένες περιπτώσεις υπήρχαν παραπάνω από μία μητροπόλεις, που μπορούσαν να είναι είτε πόλεις της κυρίως Ελλάδας (π.χ. η Τανάγρα και τα Μέγαρα που ίδρυσαν την Ηρακλεία Ποντική), είτε νεοσύστατες αποικίες (π.χ. η Κέρκυρα -αποικία της Κορίνθου- που ίδρυσε την Επίδαμνο), είτε ένας συνδυασμός και των δύο (π.χ. η Κέρκυρα -νεοσύστατη αποικία- κι η Κόρινθος, που ίδρυσαν την Απολλωνία στην Ιλλυρία και τα Μέγαρα, το Βυζάντιο κι η Χαλκηδόνα, που ίδρυσαν τη Μεσημβρία στη Μαύρη Θάλασσα).

Η μητρόπολη αναλάμβανε την οργάνωση της αποικιακής αποστολής. Ιδιαίτερη σημασία για την έκβαση της προσπάθειας δημιουργίας μιας αποικίας είχε η επιτυχημένη επιλογή του τόπου εγκατάστασης. Η νέα πατρίδα θα έπρεπε να διαθέτει εύφορη γη για να μπορεί να συντηρήσει τους αποίκους αλλά και να βρίσκεται κοντά στη θάλασσα για να είναι εύκολη η επικοινωνία τόσο με τη μητρόπολη όσο και με τον υπόλοιπο κόσμο. Έτσι εξηγείται και το γεγονός ότι οι περισσότερες αποικίες δημιουργήθηκαν σε εύφορες περιοχές κοντά στη θάλασσα.

Η διαδικασία προετοιμασίας και αναχώρησης μιας αποικιακής αποστολής είχε χαρακτήρα τελετουργίας. Η μητρόπολη επέλεγε τον επικεφαλής της αποικιακής αποστολής που ονομαζόταν οικιστής και ανήκε, συνήθως, σε κάποιο από τα αριστοκρατικά γένη της μητρόπολης. Επίσης, η μητρόπολη καθόριζε τη σύνθεση της αποστολής. Φαίνεται ότι σε κάποιες περιπτώσεις οι αρχές της μητρόπολης εξανάγκαζαν, συνήθως για πολιτικούς λόγους, ορισμένους πολίτες να συμμετάσχουν σε μια αποικιακή αποστολή ανεξάρτητα από τη θέλησή τους. Τέλος, η μητρόπολη προμήθευε και τα απαραίτητα μεταφορικά μέσα, δηλαδή τα πλοία που ήταν απαραίτητα για το ταξίδι προς το νέο τόπο εγκατάστασης.

Οι αρχαίοι Έλληνες πάντοτε συμβουλεύονταν κάποιο μαντείο πριν επιχειρήσουν την ίδρυση μιας αποικίας. Τα μαντεία, έχοντας πληροφορίες από προηγούμενες αποικιακές αποστολές και από ναυτικούς, έκαναν, συνήθως, σωστές υποδείξεις. Συνήθως ο τόπος στον οποίο έπρεπε να ιδρυθεί η αποικία, καθώς και η καταλληλότερη εποχή για το εγχείρημα αυτό, προσδιορίζονταν από το μαντείο. Ο χρησμός δινόταν προσωπικά στον οικιστή.

Οι επιτυχείς αποικισμοί διεύρυναν την επιρροή και ενίσχυαν το κύρος του μαντείου των Δελφών ως πανελλήνιου ιερού. Συχνά, μετά από μια επιτυχημένη απόπειρα ίδρυσης αποικίας, οι άποικοι επανέρχονταν στο μαντείο φέρνοντας πλούσια αφιερώματα για να ευχαριστήσουν το θεό Απόλλωνα.

Η αναχώρηση των αποίκων γινόταν μετά από επίσημη τελετή. Οι άποικοι με επικεφαλής τον οικιστή έπαιρναν από το βωμό της μητρόπολης το ιερό πυρ, που συμβόλιζε το δεσμό της αποικίας με τη μητρόπολη. Κατόπιν, οι άποικοι επιβιβάζονταν στα πλοία και άρχιζαν το ταξίδι του αποικισμού.