Ο Εμμανουήλ Ξάνθος γεννήθηκε στην Πάτμο το 1772. Εκεί ξεκίνησε τα πρώτα του βήματα και ύστερα από τις μάλλον μέτριες επιδόσεις του στην Πατμιάδα Σχολή, μετανάστευσε αρχικά στη Σμύρνη και έπειτα στην Ιταλία και συγκεκριμένα στην Τεργέστη, όπου και δούλεψε ως υπάλληλος σε εμπορική επιχείρηση.
Το 1810 εγκαταστάθηκε στην Οδυσσό, και αφού δούλεψε ως γραμματικός του εμπόρου Βασιλείου Ξένη, το 1812 γνωρίζεται στην Κωνσταντινούπολη με δυο εμπόρους από τα Γιάννενα και αποφασίζουν να δημιουργήσουν δική τους εμπορική εταιρεία. Κατά το 1813, πραγματοποιεί εμπορικά ταξίδια στην Πρέβεζα, στα Ιωάννινα και στη Λευκάδα. Υπήρξε ελευθεροτέκτονας.
Γυρνώντας στην Οδυσσό, μαζί με τους Νικόλαο Σκουφά και Αθανάσιο Τσακάλωφ ιδρύουν την Φιλική Εταιρεία, μυστική οργάνωση με καθοριστικό ρόλο στην Επανάσταση του 1821.
Μετά το τέλος της επαναστάσεως στην περιοχή της Μολδοβλαχίας, ο Ξάνθος μεταβαίνει στην Ιταλία και συνεχίζει προς την Πελοπόννησο, η οποία είχε ήδη επαναστατήσει. Στην περιοχή αυτή θα μείνει ως το 1826, οπότε και φεύγει για την Αυστρία, προκειμένου να οργανώσει την απόδραση από το Μουγκάτς του Αλέξανδρου Υψηλάντη. Η επιχείρηση απέτυχε και αναγκάστηκε να φύγει για τη Βλαχία. Άγνωστος παραμένει εκεί ως το 1837, οπότε και παίρνει την απόφαση να επιστρέψει στην Ελλάδα. Δυο χρόνια αργότερα, διορίζεται σε διοικητική θέση στην Ύδρα κι αργότερα στο Ελεγκτικό Συνέδριο, απολύθηκε όμως ύστερα από λίγο καιρό. Έζησε τα υπόλοιπα χρόνια της ζωής του σε πλήρη ανέχεια, μάταια αποζητώντας από το Δημόσιο σύνταξη, ή έστω ένα ελάχιστο βοήθημα. Στις 28 Νοεμβρίου 1852 πεθαίνει στην Αθήνα.