Βρίσκεται στη δεύτερη ζώνη της ακρόπολης και το πέρασμα από την πλατεία του ιερού οριοθετούσε το και πέρασμα στη ζώνη αυτή. Ο ναός της Αθηνάς Νικηφόρου  είχε κατασκευαστεί από το  Φιλέταιρο  και υψώνεται στη δυτική άκρη της πλατείας. Πρόκειται για ναό Δωρικού ρυθμού, που ήταν χτισμένος πάνω σε ανάχωμα και διπλό κρηπίδωμα. Οι διαστάσεις  ήταν  12,72μx21,77μ. Ένα πολύ αξιόλογο σημείο που προβάλλει την αίγλη αυτού του ναού είναι οι στοές του, οι οποίες οριοθετούν το ιερό της θεάς και περιβάλλουν την πλατεία γύρω από το ιερό. Οι στοές του ιερού χτίστηκαν από τον Ευμένη Β΄. Είναι διώροφες με δωρικούς κίονες στο ισόγειο και ιωνικούς κίονες στον όροφο  και τα θωρακεία ανάμεσα στους κίονες του επάνω ορόφου έχουν ανάγλυφες παραστάσεις με όπλα ελληνικά και γαλατικά. Τα όπλα είναι μια σαφής αναφορά στις νίκες του Αττάλου Α΄και του Ευμένη Β”.