Η Νεφέλη, σύμφωνα με διαφορετικές εκδοχές, ήταν ή το σύννεφο που δημιούργησε ο Δίας κατ' εικόνα της Ήρας και το έστειλε στον Ιξίονα το Λαπίθη, (για να τον τιμωρήσει που φάνηκε αγνώμων σε αυτόν), ο οποίος πιωμένος, νομίζοντας ότι ήταν όντως η Ήρα, γέννησε μαζί της τον Κένταυρο, τον πατέρα των Κενταύρων, ή μια θεότητα ξεχωριστή, Ωκεανίδα.

Και στις δύο εκδοχές, πάντως, η Νεφέλη διάλεξε το βασιλιά Αθάμαντα, βασιλιά της Θεσσαλίας ή της Βοιωτίας, ως άντρα της, και γέννησε μαζί του δυο γιους, το Φρίξο («το σγουρομάλλη») και το Λεύκωνα, και μια κόρη, την Έλλη.

Ο βασιλιάς, όμως, είτε επειδή η Νεφέλη του έδειχνε περιφρόνηση είτε επειδή έπαψε να τον ελκύει, πήρε ως δεύτερη γυναίκα μια θνητή, την Ινώ, την κόρη του Κάδμου, η οποία είχε φροντίσει το Διόνυσο, το γιο της αδερφής της, Σεμέλης, και τον είχε κρύψει από την οργή της Ήρας.

Η Νεφέλη οργισμένη επέστρεψε στον ουρανό και παραπονέθηκε στην Ήρα ότι την είχαν προσβάλει, και η Ήρα ορκίστηκε ότι θα εκδικηθεί για λογαριασμό της. Η Νεφέλη γύρισε στο όρος Λαφύστιο και απαίτησε να θανατωθεί ο Αθάμας. Επειδή οι υπήκοοι αρνήθηκαν, τιμώρησε όλη τη χώρα με ξηρασία, αν και μια άλλη επικρατέστερη διήγηση αναφέρει ότι η Ινώ, η οποία ήταν κακιά μητριά των παιδιών της Νεφέλης, έπεισε τις γυναίκες της χώρας της να καψαλίσουν, κρυφά από τους άντρες τους, τους σπόρους των δημητριακών, έτσι ώστε να χαλάσει η σοδειά. Ο Αθάμας έστειλε αγγελιοφόρους στο Μαντείο των Δελφών, για να μάθει την αιτία της κατάστασης, αλλά η Ινώ δωροδόκησε τους αγγελιοφόρους, για να δώσουν ψεύτικη απάντηση: το μαντείο διατάζει να θυσιαστούν τα παιδιά της Νεφέλης (ή μόνο ο Φρίξος) στο όρος Λαφύστιο, για να αποκτήσει ξανά η γη τη γονιμότητά της.

Είτε ο ίδιος ο Φρίξος προσφέρθηκε μόνος του να θυσιαστεί είτε ο πατέρας του, κλαίγοντας, τον οδήγησε αναγκαστικά στην κορυφή του βουνού, η θυσία θα προχωρούσε, μαζί με την αδερφή του, την Έλλη, η οποία θα θυσιαζόταν με δική της ελεύθερη απόφαση.

Η ουράνια μητέρα τους, η Νεφέλη, για να βοηθήσει τα παιδιά της, έστειλε ένα χρυσόμαλλο κριάρι, δώρο από την Ήρα. Τα δυο παιδιά κάθησαν πάνω στη ράχη του έξυπνου ζώου και πέταξαν για τη μακρινή Κολχίδα, τη χώρα του Ήλιου. Η Έλλη, όμως, ζαλίστηκε και έπεσε στο στενό που χωρίζει την Ευρώπη από τη Μ. Ασία και που σήμερα ονομάζεται Ελλήσποντος, αλλά ο Φρίξος έφτασε σώος στην Κολχίδα και θυσίασε στο Δία το κριάρι. Παντρεύτηκε τη Χαλκιόπη, την κόρη του βασιλιά της Κολχίδας, του Αιήτη, και έκανε μαζί της τέσσερις γιους.

Το χρυσόμαλλο δέρας το χάρισε στο βασιλιά, και έγινε διάσημο, μετά, με τον Ιάσονα και τους Αργοναύτες, και με τη Μήδεια, την κόρη του βασιλιά Αιήτη.