Όσο οι εξερευνήσεις αποκάλυπταν στα μάτια των Ευρωπαίων μοναρχών νέες ευκαιρίες γρήγορου πλουτισμού, τόσο πιο ζηλότυπα φρουρούνταν οι θαλάσσιοι δρόμοι. Σύμφωνα με μια μαρτυρία, ο Πορτογάλος βασιλιάς Αφόνσο Ε΄, έδωσε, το 1480, πολύ αυστηρές και σκληρές διαταγές: αν κάποιος από τους Πορτογάλους πλοιάρχους συναντούσε Ισπανούς «που ήταν, ή υποτίθεται ότι ήταν, καθοδόν προς τη λεγόμενη Γουινέα, ή στο δρόμο της επιστροφής, όπου κι αν βρίσκονταν, έπρεπε να τους συλλαμβάνει και, χωρίς άλλη διαταγή ή νομική διαδικασία, να τους ρίχνει αμέσως στη θάλασσα, για να βρουν εκεί φυσικό θάνατο».

Μετά την ανακάλυψη της Αμερικής από τον Κολόμβο για λογαριασμό της Ισπανίας, η Πορτογαλία έπαψε να είναι μόνη στο παιχνίδι των εξερευνήσεων. Οι Ισπανοί ήταν πια σε θέση να προβάλλουν διεκδικήσεις για περιοχές για τις οποίες οι Πορτογάλοι είχαν διαθέσει πολύ χρήμα, χρόνο και προσπάθεια. Οι πιθανότητες σύγκρουσης ανάμεσα στα γειτονικά κράτη ήταν μεγάλες, εκτός εάν γινόταν αμοιβαία αποδεκτή μια διανομή των «λαφύρων».

Ο μόνος παράγοντας που είχε το κύρος να διαιτητεύσει τέτοιες υποθέσεις την εποχή εκείνη στην Ευρώπη ήταν ο Πάπας. Μόλις τον προηγούμενο χρόνο είχε εκλεγεί Πάπας ο Αλέξανδρος ΣΤ΄, ένας Ισπανός που είχε αναδειχθεί στο ανώτατο αξίωμα της Καθολικής εκκλησίας χάρη στην υποστήριξη της βασίλισσας Ισαβέλλας . Έτσι, λοιπόν, δεν ήταν καθόλου παράξενο το ότι πρότεινε να δοθούν στους Ισπανούς δικαιώματα σε όλα τα εδάφη που βρίσκονταν 100 λεύγες, περίπου 600 χιλιόμετρα, δυτικά των νησιών του Πράσινου Ακρωτηρίου .

Οι Πορτογάλοι εξοργίστηκαν. Η προτεινόμενη παραχώρηση όχι μόνο απειλούσε τον έλεγχό τους πάνω στις Ινδίες, αλλά έθετε σε κίνδυνο τις παραπέρα εξερευνήσεις, καθώς οι Πορτογάλοι θαλασσοπόροι, για να επωφεληθούν στο μέγιστο από την οδό του περίπλου της Αφρικής, έπρεπε εφεξής να ακολουθήσουν δυτική πορεία, αναζητώντας ευνοϊκούς ανέμους και ρεύματα, δηλαδή στα ισπανικά νερά σύμφωνα με την απόφαση του Βατικανού.

Έτσι ο Πορτογάλος βασιλιάς Ιωάννης άρχισε διαπραγματεύσεις με την Ισαβέλλα , διαδίδοντας ότι είχε την πρόθεση να απειλήσει με ισχυρό στόλο «τη γραμμή διαχωρισμού», αν δεν κατέληγαν σε συμφωνία. Τελικά, ύστερα από ένα έτος διαπραγματεύσεων στη μικρή πόλη της Τορδεσίγιας, 150 χιλιόμετρα βορειοδυτικά της Μαδρίτης, υπογράφτηκε, το 1494, μια συμφωνία που μετέθετε 1.500 χιλιόμετρα προς τα δυτικά τη γραμμή που καθόριζε το σύνορο ανάμεσα στις δύο ανερχόμενες αυτοκρατορίες. Την εποχή εκείνη, το ακριβές σύνορο φαινόταν να μην έχει και τόση σημασία. Στην πραγματικότητα, όμως, άφηνε την ακτή της Βραζιλίας, που δεν είχε ακόμη ανακαλυφθεί, στην πορτογαλική σφαίρα επιρροής, με αποτέλεσμα η Βραζιλία να γίνει αργότερα πορτογαλικό έδαφος μέσα σε μια, κατά τα άλλα, ισπανική νότια Αμερική.

Η Συνθήκη της Τορδεσίγιας μοίρασε ουσιαστικά ολόκληρο τον κόσμο που είχε ανακαλυφθεί μέχρι τότε ανάμεσα στην Πορτογαλία και την Ισπανία. Αν και μακροπρόθεσμα θα αποδεικνυόταν ανεφάρμοστη, η Συνθήκη εξυπηρετούσε, βραχυπρόθεσμα, πολύ καλά το σκοπό της, δίνοντας στο κάθε ένα από τα συμβαλλόμενα μέρη την ελευθερία να συνεχίσει τις εξερευνήσεις του χωρίς να παρεμποδίζεται από το άλλο. Στο πλαίσιο αυτό, η Ισπανία έστειλε τον Κολόμβο σε τρεις ακόμη αποστολές στην Αμερική, ενώ η Πορτογαλία συνέχισε να επικεντρώνει τις προσπάθειές της στον περίπλου της Αφρικής και την πορεία προς τις Ινδίες και πέρα από αυτές.