Το 13ο Νηπιαγωγείο Ρεθύμνου ιδρύθηκε το 1996 και λειτούργησε αρχικά σε νοικιασμένο χώρο στην οδό Καποδιστρίου 55, στην Καλλιθέα, σαν μονοθέσιο κλασικό νηπιαγωγείο.
Στη συνέχεια, το 2010 μετεστεγάστηκε στο χώρο του πρώην 14ου Δημοτικού σχολείου, στην οδό Καποδιστρίου 43, στον οποίο συστεγάζεται μέχρι και σήμερα με το 9ο Νηπιαγωγείο Ρεθύμνου. Την ίδια χρονιά έγινε η μετατροπή του σε ολοήμερο νηπιαγωγείο. Το 2011 με σχετική Υ.Α. προάγεται από Μονοθέσιο σε Διθέσιο Νηπιαγωγείο.