Τα μελετώμενα ζητήματα προέκυψαν από την παράλληλη μελέτη βιβλιογραφίας και πηγών, η οποία οδήγησε σε διαφορετικές απαντήσεις από εκείνες που είχαν έως σήμερα διατυπωθεί.
α. Πρωτοπαπάς Ζακύνθου: Από τη μελέτη των πηγών βεβαιώνεται ότι έως το 1601 την ευθύνη για την ανάδειξη του πρωτοπαπά είχε η τοπική βενετική Διοίκηση. Η Βενετία παραχωρώντας το 1601 το δικαίωμα εκλογής στο Συμβούλιο της κοινότητας Ζακύνθου, εκχωρούσε σε αυτό δικά της δικαιώματα, όπως είχε κάνει και άλλοτε με την παραχώρηση του δικαιώματος εκλογής προσώπων σε άλλα δημόσια αξιώματα. Όσο για το ζήτημα της χειροθεσίας, φαίνεται πως ο πρωτοπαπάς Ζακύνθου δεν λάμβανε χειροθεσία, αλλά, όπως και ο πρωτοπαπάς της Κέρκυρας, κατείχε ένα εκκλησιαστικό αξίωμα χωρίς την κανονική εκκλησιαστική διαδικασία.
β. Επισκοπή Κυθήρων: Από τη μελέτη της βιβλιογραφίας εξάγεται το συμπέρασμα ότι ουσιαστικά δεν υπάρχουν πληροφορίες για την κατάσταση της Εκκλησίας των Κυθήρων πριν από το δεύτερο μισό του 16ου αιώνα. Η επισκοπή Κυθήρων φαίνεται πως παρέμεινε σχολάζουσα πιθανόν από την έναρξη της λατινοκρατίας και έως την ανασύσταση της επισκοπής με την εκλογή του επισκόπου Διονυσίου Στρογγύλου το 1569-1570. Στο μεταξύ διάστημα τη διοίκηση είχε αναλάβει ιερέας με τον τίτλο του πρωτοπαπά. Αναφορικά με την εκλογή και τη χειροτονία του επισκόπου, συμπεραίνεται ότι η εκλογή του εως το 1636 γινόταν αποκλειστικά από τον μητροπολίτη Μονεμβασίας και την περί αυτόν σύνοδο, ο δε εκλεγμένος νέος επίσκοπος λάμβανε την επικύρωση της εκλογής του από την κεντρική βενετική Διοίκηση και ακολούθως παραλάμβανε την επισκοπή από την τοπική βενετική Αρχή. Από τα μέσα του 17ου αιώνα, η εκλογή ανατέθηκε στο Συμβούλιο της κοινότητας Κυθήρων, το οποίο εξέλεγε αποκλειστικά εντόπιο υποψήφιο. Ο εκλεγείς εχειροτονείτο από τον μητροπολίτη Μονεμβασίας, στον οποίο και υπαγόταν.