Ο προγραμματισμός της κεντρικής μονάδας συναγερμού μπορεί να γίνει είτε από το πληκτρολόγιο, είτε με τη βοήθεια ενός απομακρυσμένου υπολογιστή (μέσω τηλεφωνικών γραμμών), είτε τοπικά με τη βοήθεια ειδικής συσκευής (interface) και laptop. Ο προγραμματισμός από το πληκτρολόγιο γίνεται με δεκαεξαδικό ή δεκαδικό κώδικα, ενώ τις εντολές μας τις παρέχει ο κατασκευαστής. Ο προγραμματισμός με ηλεκτρονικό υπολογιστή γίνεται με τη βοήθεια ειδικού λογισμικού.

Οι λειτουργίες που καθορίζονται με τον προγραμματισμό είναι αρκετές, οι βασικότερες εκ των οποίων είναι οι εξής:

• ο κωδικός τεχνικού
• η διάρκεια των χρόνων εισόδου & εξόδου
• το είδος της κάθε ζώνης (με καθυστέρηση, άμεση κλπ)
• ο χρόνος λειτουργίας της σειρήνας (σε περίπτωση συναγερμού)
• οι παράμετροι και οι λειτουργίες του κωδικοποιητή (αν χρησιμοποιείται)

Για τον προγραμματισμό μέσω πληκτρολογίου των συστημάτων Spectra της Paradox, ακολουθείστε την εξής διαδικασία:

1. Πατήστε [ENTER]
2. Εισάγετε το [ΚΩΔΙΚΟ ΕΓΚΑΤΑΣΤΑΤΗ]
3. Εισάγετε την 3ψήφια [ΔΙΕΥΘΥΝΣΗ] που επιθυμείτε να προγραμματίσετε
4. Εισάγετε τα απαιτούμενα [ΔΕΔΟΜΕΝΑ]

Για τον προγραμματισμό μέσω υπολογιστή των συστημάτων Spectra της Paradox, θα πρέπει να ακολουθήσετε την εξής διαδικασία:

1. Να εγκαταστήσετε το πρόγραμμα Winload στον υπολογιστή.
2. Να προγραμματίσετε στο σύστημα του κωδικούς Panel Identifier [910] και PC Password [911] και τους ίδιους κωδικούς να δώσετε και στο λογισμικό του υπολογιστή.
3. Να συνδέσετε το σύστημα συναγερμού με τον υπολογιστή σύμφωνα με το παρακάτω σχεδιάγραμμα.

Εάν τα σημεία σύνδεσης TIP, RING του κωδικοποιητή του συστήματος συναγερμού είναι συνδεδεμένα στην τηλεφωνική γραμμή, τότε μπορεί να πραγματοποιηθεί εξ αποστάσεως προγραμματισμός του συστήματος ως εξής:

1. Ο υπολογιστής καλεί τηλεφωνικά το σύστημα συναγερμού μέσω του προγράμματος Winload.
2. Αφού ταυτοποιηθούν οι κωδικοί Panel Identifier [910] και PC Password [911], εγκαθιδρύεται η σύνδεση μεταξύ τους.
3. Ο τεχνικός κάνει download όλο τον προγραμματισμό του συναγερμού στον υπολογιστή και αφού κάνει τις αλλαγές που θέλει, τον ξανακάνει upload στη μονάδα συναγερμού.

Τέλος, αν θέλουμε να μεταφέρουμε τον ίδιο προγραμματισμό σε πολλές μονάδες ή θέλουμε να αντιγράψουμε τον προγραμματισμό μιας μονάδας σε μια άλλη, υπάρχει η γρήγορη λύση του Paradox Memory Key.

Ένα από τα βασικά μέρη του προγραμματισμού είναι ο χαρακτηρισμός των ζωνών. Υπάρχουν οι παρακάτω βασικές δυνατότητες προγραμματισμού των ζωνών.

• Άμεση ζώνη (instant): Οι ζώνες αυτές δίνουν συναγερμό αμέσως μόλις διεγερθεί ο αντίστοιχος ανιχνευτής.
• Ζώνη με καθυστέρηση (delay): Οι ζώνες που έχουν προγραμματιστεί με καθυστέρηση δεν δίνουν αμέσως συναγερμό, αλλά μετά από ένα χρονικό διάστημα που ορίζεται από τον τεχνικό. Με καθυστέρηση προγραμματίζονται οι ζώνες στις οποίες συνδέονται οι ανιχνευτές (συνήθως μαγνητικές επαφές) των θυρών εισόδου, ώστε αυτός που εισέρχεται νόμιμα στο χώρο, όταν το σύστημα είναι οπλισμένο, να έχει το χρόνο να το αφοπλίσει.
• Ζώνη ακολουθίας (follow): Οι ζώνες αυτές συμπεριφέρονται σαν με καθυστέρηση, αν προηγουμένως έχει ενεργοποιηθεί μια ζώνη με καθυστέρηση, αλλιώς συμπεριφέρονται ως άμεσες.
• 24ωρη ζώνη (24h): Η ζώνες αυτές δίνουν πάντα συναγερμό (όταν διεγερθεί ο αντίστοιχος ανιχνευτής), ανεξάρτητα από το αν είναι οπλισμένο ή όχι το σύστημα συναγερμού. Οι ζώνες αυτές χρησιμοποιούνται για την προστασία του ίδιου του συστήματος π.χ. της εξωτερικής σειρήνας, του κουτιού μέσα στο οποίο βρίσκεται η κεντρική μονάδα κλπ.

Ένας από όλους τους κωδικούς έχει αυξημένες δυνατότητες και ονομάζεται κύριος κωδικός (system master code).  Στους υπόλοιπους χρήστες του συστήματος παρέχονται οι κωδικοί χρηστών (user codes). Η βασικότερη δυνατότητα του master κωδικού είναι ότι μπορεί να ορίζει ή να καταργεί, τους κωδικούς user.

Εκτός από τους παραπάνω κωδικούς, υπάρχει και ο κωδικός εγκαταστάτη (installer code), ο οποίος χρησιμοποιείται για τον προγραμματισμό της κεντρικής μονάδας. Ο τεχνικός μπορεί να "κλειδώσει" τον προγραμματισμό του συστήματος για να μην μπορεί να διαβαστεί ή τροποποιηθεί από άλλον χρησιμοποιώντας τον κωδικό κλειδώματος (lock master code).

Τέλος, ο κωδικός απειλής (duress code) είναι ένας κωδικός που στέλνει σήμα συναγερμού στο Κέντρο Λήψεως Σημάτων, χωρίς να χτυπήσουν οι σειρήνες και χρησιμοποιείται σε περίπτωση που ο χρήστης χρειαστεί να αφοπλίσει το σύστημα υπό την απειλή του εισβολέα.