Β΄  Βυζαντινή περίοδος  ( 961- 1204 )

    Η τύχη επεφύλαξε τη μεγάλη δόξα της απελευθέρωσης της Κρήτης στον αρχιστράτηγο Νικηφόρο Φωκά. Βυζαντινοί ιστορικοί αναφέρουν ότι οι δυνάμεις που συγκεντρώθηκαν για την επιχείρηση αυτή αποτελούνταν από 3307 πλοία ( 2000 πολεμικά με 250 πολεμιστές το καθένα, 1000 μεταγωγικά και 307 φορτηγά). Αντίθετα αραβικές πηγές μιλούν για 700 πλοία με 72000 πεζούς και 5000 ιππείς. 

Πιθανά, η θέση και το μέγεθος του Χάνδακα της β' Βυζαντινής περιόδου (Εργαστήριο Πολυμέσων)

    Τον Ιούλιο του 960 ο Φωκάς έφτασε στα κρητικά παράλια και αποβίβασε το στρατό του, που αποτελούνταν εκτός από βυζαντινούς στρατιώτες απ’ όλα τα μέρη της αυτοκρατορίας και από Αρμένιους, Βάραγγους, Σκανδιναβούς και Ρως, στην παραλία του Αλμυρού, δυτικά του Χάνδακα. Αμέσως άρχισε η πολιορκία των Αράβων του Χάνδακα, που διήρκεσε ολόκληρο το υπόλοιπο του 960 και μέχρι το Μάρτιο του 961, οπότε το φρούριο υπέκυψε και επακολούθησε σφαγή των Αράβων και λεηλασία της πόλης από τους εξαγριωμένους βυζαντινούς στρατιώτες. Λέγεται ότι σφάγηκαν 200.000 μαζί μ’ αυτούς που σκοτώθηκαν στις μάχες κι άλλοι τόσοι πιάστηκαν αιχμάλωτοι. Αριθμοί υπερβολικοί. Οι θησαυροί των Αράβων που έπεσαν στα χέρια των Βυζαντινών, ήταν αμύθητοι. Λέγεται ότι χρειάστηκαν 300 φορτηγά πλοία για να μεταφερθούν στην Κωνσταντινούπολη, μαζί με τους αιχμαλώτους, ανάμεσα στους οποίους ήταν ο εμίρης του Χάνδακα Αβδούλ Αζίζ Κοτορμπής ( ή κατά τους βυζαντινούς Κουρούπης) και ο γιος του Ανεμάς που αργότερα ασπάστηκε το χριστιανισμό και υπηρέτησε πιστά τον αυτοκράτορα. Πρέπει να αναφέρουμε σ’ αυτό το σημείο ότι ένα μεγάλο μέρος από τα λάφυρα δόθηκαν από το Φωκά στον πνευματικό του Αθανάσιο τον Αθωνίτη που ίδρυσε και οργάνωσε τη πρώτη μονή του Αγίου Όρους ,αυτή της Μεγίστης Λαύρας .

     Με την ανάκτηση της Κρήτης αρχίζει μια νέα περίοδος της κρητικής ιστορίας , που διήρκεσε 250 περίπου χρόνια. Ο Φωκάς κατασκευάζει τώρα νέα αμυντικά και οχυρωματικά έργα όπως το φρούριο «τέμενος» στο Κανλί Καστέλι ( Προφήτης Ηλίας).

Η θριαμβευτική είσοδος του Νικηφόρου Φωκά στη Βασιλεύουσα, 961 (Ι. Σκυλίτζης, Μαδρίτη, Εθνική Βιβλιοθήκη Ισπανίας)

Επίσης εγκαθιστά, με τη θέλησή τους, παλαίμαχους στρατιώτες σε εύφορες περιοχές της Κρήτης που χτίζουν πολλά χωριά τα οποία εξακολουθούν να υπάρχουν και σήμερα ( Αρμένοι, Βαρβάροι, Βαρβάρω, Σκλαβεροχώρι, Σκλαβοπούλα, Ρουσοχώρια, Βουλγάρω κ.ά.). Διοικητικό και στρατιωτικό κέντρο της Κρήτης γίνεται και πάλι ο Χάνδακας.

   Επειδή κατά τη μακραίωνη αραβική δουλεία, πολλοί Κρητικοί πλανήθηκαν και εξισλαμίστηκαν ( πολλοί με τη βία), ήλθε στην Κρήτη ο όσιος Νίκων (ο Μετανοείτε) που προσπάθησε με το κήρυγμά του στην κεντροανατολική Κρήτη να επαναφέρει τους παραστρατημένους στο χριστιανικό δρόμο. Στη δυτική Κρήτη έδρασε για τον ίδιο λόγο ο όσιος Ιωάννης (ο Ξένος) που καταγόταν από το χωριό Σίβα της Μεσαράς.

Ο Άγιος Ιωάννης ο Ξένος ή Ερημίτης

Το σπήλαιο όπου έζησε και πέθανε ο Άγιος Ιωάννης ο Ερημίτης

  
Ο Όσιος Νίκων ο μετανοείτε    

    Η Κρητική Εκκλησία οργανώνεται πάλι. Ανασυστήθηκε η Αρχιεπισκοπή Κρήτης, με έδρα το Χάνδακα όπου ανηγέρθη πολύ όμορφος μητροπολιτικός ναός αφιερωμένος στον Απόστολο Τίτο.

Ο μεγαλοπρεπής ναός του Αγίου Τίτου στην ομώνυμη πλατεία, 2004

Άποψη του φρουρίου του Τεμένους, 1615 (F. Basilicata, Ηράκλειο, Βικελαία Δημοτική Βιβλιοθήκη)